Chiều 28/6/2006, sau khi thảo luận tại các đoàn, kỳ họp thứ 9 Quốc hội khoá XI tiếp tục làm việc tại hội trường để tiến hành bầu chức danh Tổng Kiểm toán Nhà nước theo đề nghị của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội và bầu các thành viên Chính phủ theo đề nghị của Thủ tướng Chính phủ.

Tờ trình ngày 27/6/2006 về việc giới thiệu nhân sự Tổng Kiểm toán Nhà nước của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội do Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Phú Trọng đọc trước Quốc hội nêu: Căn cứ Luật Kiểm toán Nhà nước, sau khi trao đổi với Thủ tướng Chính phủ, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội giới thiệu ông Vương Đình Huệ để Quốc hội bầu giữ chức Tổng Kiểm toán Nhà nước. Ông Vương Đình Huệ sinh ngày 15/3/1957, quê quán xã Nghi Xuân, huyện Nghi Lộc tỉnh Nghệ An, giáo sư, tiến sỹ kinh tế, trình độ lý luận cao cấp; chức vụ hiện tại là Phó Tổng Kiểm toán Nhà nước. Tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ 10 tháng 4/2006, ông Vương Đình Huệ đã được bầu là Uỷ viên Ban chấp hành Trung ương Đảng khoá 10. Uỷ ban thường vụ Quốc hội nhận thấy, ông Vương Đình Huệ đủ tiêu chuẩn để Quốc hội bầu vào chức danh Tổng Kiểm toán Nhà nước, kính trình Quốc hội xem xét, quyết định.

Tổng hợp kết quả thảo luận ở đoàn và xin ý kiến đại biểu Quốc hội cho thấy 54/54 đoàn với 446 phiếu thăm dò ý kiến đại biểu Quốc hội (bằng 98,02% số phiếu thu về) tán thành nhân sự bầu chức danh Tổng Kiểm toán Nhà nước do Uỷ ban Thường vụ Quốc hội đưa ra. Kết quả kiểm phiếu như sau: Tổng số đại biểu 493, số đại biểu có mặt 475, số phiếu phát ra 475, số phiếu thu về 473, số phiếu hợp lệ 471, số phiếu tán thành 438, bằng 88,84% tổng số đại biểu Quốc hội.

Cùng với việc bầu chức danh Tổng Kiểm toán Nhà nước, Quốc hội đã bầu 9 chức danh thành viên Chính phủ, trong đó ông Nguyễn Sinh Hùng, nguyên Bộ trưởng Bộ Tài chính và ông Trương Vĩnh Trọng, nguyên Trưởng ban Nội chính Trung ương được bầu giữ chức Phó Thủ tướng Chính phủ; Phó Thủ tướng Phạm Gia Khiêm được bầu kiêm giữ chức Bộ trưởng Bộ Ngoại Giao.