1. Lãnh đạo Kiểm toán nhà nước chuyên ngành VI gồm: Kiểm toán trưởng và các Phó Kiểm toán trưởng.
2. Tổ chức của Kiểm toán nhà nước chuyên ngành VI gồm: Phòng Tổng hợp và tối đa không quá 05 phòng nghiệp vụ. Các phòng cụ thể như sau:
a) Phòng Tổng hợp;
b) Phòng Nghiệp vụ 1;
c) Phòng Nghiệp vụ 2;
d) Phòng Nghiệp vụ 3;
đ) Phòng Nghiệp vụ 4;
e) Phòng Nghiệp vụ 5.
Phòng có trưởng phòng và các phó trưởng phòng giúp việc trưởng phòng.
Việc thành lập, sáp nhập, chia tách, giải thể các phòng thuộc đơn vị do Tổng Kiểm toán nhà nước quyết định theo đề nghị của Kiểm toán trưởng và Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ.
Nhiệm vụ cụ thể của từng phòng do Kiểm toán trưởng quy định sau khi có ý kiến phê duyệt của Tổng Kiểm toán nhà nước.
(Trích theo Quyết định số 602/QĐ-KTNN ngày 02/8/2006 của Tổng Kiểm toán Nhà nước)