Theo Quy trình, việc kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán của KTNN được đảm bảo thực hiện theo nguyên tắc tuân thủ các quy định về kiểm tra, kiểm toán của KTNN, các văn bản pháp luật có liên quan. Việc tổng hợp, theo dõi, xử lý, báo cáo kết quả được tiến hành thường xuyên, định kỳ hoặc đột xuất theo yêu cầu của cấp có thẩm quyền. Việc kiểm tra này, được thực hiện đối với các đơn vị được kiểm toán không chấp hành đúng một trong các nội dung sau: không có báo cáo kết quả thực hiện kiến nghị theo quy định; không thu thập đầy đủ các bằng chứng hợp pháp, hợp lệ; không có báo cáo giải trình và bằng chứng đối với các kiến nghị chưa thực hiện.
Về kết cấu, Quy trình này bao gồm 05 chương và 18 điều quy định về trình tự, nội dung công việc, nhiệm vụ và trách nhiệm của các đơn vị, bộ phận có liên quan trong việc kiểm tra, tổng hợp, theo dõi, xử lý và báo cáo kết quả việc thực hiện kiến nghị kiểm toán của KTNN, cụ thể:
Đối với giai đoạn chuẩn bị kiểm tra phải thu thập thông tin về đơn vị được kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán; lập Kế hoạch kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán; Tổng KTNN (hoặc người được ủy quyền) phê duyệt và thông báo Kế hoạch kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán năm cho đơn vị trực thuộc KTNN được giao nhiệm vụ kiểm tra; lập và phê duyệt kế hoạch cuộc kiểm tra; ra Quyết định kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán đối với từng cuộc kiểm tra; xây dựng đề cương hướng dẫn cho đơn vị được kiểm tra về thực trạng về việc chấp hành các nội dung mà Đoàn kiểm toán (hoặc Tổ kiểm toán) đã kiến nghị trong báo cáo kiểm toán; Các kiến nghị kiểm toán đã được thực hiện cần có tài liệu cụ thể chứng minh. Các kiến nghị chưa được thực hiện phải nêu rõ nguyên nhân, đồng thời đề xuất biện pháp tiếp tục khắc phục (nếu có); Nguyên nhân của những hạn chế, khuyết điểm và những khó khăn, vướng mắc trong quá trình thực hiện kiến nghị kiểm toán của KTNN; Đề xuất, kiến nghị.
Trong giai đoạn thực hiện kiểm tra, phải công bố Quyết định và Kế hoạch kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán; thực hiện kiểm tra; thực hiện chế độ thông tin, báo cáo trong quá trình kiểm tra và thời hạn kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán.
Sau khi kết thúc kiểm tra, phải được lập Biên bản kiểm tra; Báo cáo kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán và phát hành Báo cáo kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán; lập Hồ sơ kiểm tra và bàn giao, lưu trữ hồ sơ.
Quy trình cũng quy định rõ, trong quá trình thực hiện kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán, Vụ Pháp chế, Vụ Chế độ và Kiểm soát chất lượng kiểm toán và các đơn vị có liên quan phối hợp với Vụ Tổng hợp và đơn vị được giao nhiệm vụ kiểm tra trong việc giải quyết các khiếu nại, kiến nghị của đơn vị được kiểm toán về đánh giá, xác nhận, kết luận, kiến nghị kiểm toán của KTNN khi được lãnh đạo KTNN giao. Đặc biệt, khi tổng hợp kết quả kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán, Vụ Tổng hợp có trách nhiệm theo dõi, đôn đốc và hướng dẫn việc tổ chức kiểm tra; tổng hợp tình hình thực hiện và tổng hợp kết quả kiểm tra tình hình thực hiện kiến nghị toàn ngành; tham mưu, đề xuất các giải pháp tăng cường việc thực hiện kiến nghị kiểm toán; tổng hợp báo cáo kết quả thực hiện kiến nghị kiểm toán để báo cáo Quốc hội, Chính phủ theo yêu cầu. KTNN chuyên ngành, KTNN khu vực có trách nhiệm thực hiện chế độ báo cáo tổng hợp kết quả thực hiện kiến nghị kiểm toán trong phạm vi được phân công.
Ngoài ra, quy trình này còn kèm theo các phụ lục, phụ biểu về hướng dẫn lập kế hoạch kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán; hướng dẫn kiểm tra; các mẫu văn bản có liên quan trong quá trình kiểm tra.
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ban hành và thay thế Quyết định số 05/2010/QĐ-KTNN ngày 16/7/2010./.
Kim Dung