Tuy nhiên, trước yêu cầu của công cuộc đổi mới đất nước và xu thế hội nhập, hoạt động của KTNN đã bộc lộ nhiều hạn chế, quy mô và chất lượng chưa ngang tầm với chức năng nhiệm vụ được giao với vị thế là cơ quan kiểm tra tài chính công cao nhất trong hệ thống kiểm soát của Nhà nước; chưa có sự thống nhất, đồng bộ giữa các quy định của Luật KTNN và các luật liên quan như Luật Tổ chức Quốc hội, Luật Tổ chức Chính phủ, Luật NSNN…. Tổng KTNN Vương Đình Huệ cho rằng: Nguyên nhân chính dẫn đến những tồn tại trên là do địa vị pháp lý của KTNN chưa được quy định trong Hiến pháp theo khuyến cáo của Tổ chức Kiểm toán tối cao quốc tế (INTOSAI) và thông lệ nhiều nước trên thế giới.
Theo TS Đinh Trịnh Hải, Phó Chủ nhiệm Uỷ ban Tài chính Ngân sách Quốc hội, cho đến nay đang tồn tại 2 bất cập về địa vị pháp lý của KTNN: thứ nhất là Hiến pháp chưa có quy định về cơ quan KTNN, không quy định việc Quốc hội thành lập cơ quan KTNN, Quốc hội bầu, miễn nhiệm, bãi nhiệm Tổng KTNN; thứ hai là Luật KTNN hiện hành cũng chưa làm rõ được KTNN nằm trong hệ thống cơ quan nào trong 3 hệ thống các cơ quan lập pháp, hành pháp và tư pháp của bộ máy Nhà nước. Do đó, cần quy định rõ trong Hiến pháp việc thành lập KTNN cũng như sự độc lập của tổ chức này để nâng cao hiệu lực, hiệu quả của hoạt động KTNN trong việc kiểm tra, giám sát các nguồn lực, tài chính công.
PGS.TS Đinh Trọng Hanh, Vụ trưởng Vụ Chế độ và kiểm soát chất lượng kiểm toán (KTNN) cho rằng hiện có hai phương án xác định địa vị pháp lý của KTNN. Phương án thứ nhất, KTNN là cơ quan trực thuộc Quốc hội. Quốc hội trực tiếp quyết định những vấn đề về chiến lược phát triển KTNN định hướng hoạt động kiểm toán phù hợp với yêu cầu quản lý, giám sát của Nhà nước đối với hoạt động quản lý sử dụng các nguồn lực kinh tế công của Quốc hội. Phương án thứ hai, KTNN là cơ quan độc lập với Quốc hội và Chính phủ.
PGS.TS Đinh Trọng Hanh nghiêng về phương án này vì "đây là phương án có ưu điểm nổi bật là đảm bảo được sự độc lập của cơ quan KTNN ở mức cao nhất, tạo cơ sở cho việc đảm bảo tính khách quan của hoạt động và báo cáo kiểm toán. KTNN vẫn là một công cụ phục vụ cho nhà nước quản lý kinh tế, KTNN cần có sự phối hợp trong hoạt động với Quốc hội và Chính phủ và cần đảm bảo trách nhiệm trong ưu tiên các nhiệm vụ kiểm toán theo yêu cầu của Quốc hội và Chính phủ".
Đối với quy định địa vị pháp lý của Tổng KTNN hiện nay, các chuyên gia tại hội thảo cũng nhất trí: về cơ bản là phù hợp với khuyến cáo của INTOSAI và thông lệ phổ biến của các nước như Tổng KTNN có địa vị độc lập với Chính phủ và Quốc hội. Tuy nhiên, vị trí của Tổng KTNN trong hệ thống các cơ quan nhà nước chưa được quy định rõ ràng. Mặt khác, một số quyền và trách nhiệm của KTNN về kiểm toán đối với các chủ thể có nghĩa vụ nộp thuế nhà nước cũng chưa có quy định cụ thể, phù hợp với yêu cầu KTNN phục vụ cho quản lý các nguồn lực kinh tế của đất nước. Theo PGS.TS Đinh Trọng Hanh, để giải quyết những vấn đề hạn chế trên thì cần hoàn thiện địa vị pháp lý của cơ quan KTNN./.