Có 7 đơn vị, gồm: Vụ pháp chế; KTNN khu vực II; KTNN khu vực IV; KTNN chuyên ngành V; Phòng Nghiệp vụ 2, KTNN chuyên ngành I; Phòng Nghiệp vụ 1, KTNN khu vực IV; Phòng Quản lý khoa học, Trung tâm KH và BDCB và 11 cá nhân được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen. Những tập thể và cá nhân này đã có thành tích trong công tác từ năm 2004 đến năm 2006, góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc./.