Dự án hợp tác kỹ thuật Việt - Đức "Hỗ trợ xây dựng Kiểm toán Nhà nước Việt Nam" triển khai từ năm 1997 với mục tiêu xuyên suốt là: "Tạo cho Kiểm toán Nhà nước Việt Nam có khả năng đảm nhiệm các nhiệm vụ được giao". Mục tiêu cụ thể bao gồm: xây dựng cơ sở pháp lý cho hoạt động của KTNN; xây dựng các chuẩn mực kiểm toán và các văn bản hướng dẫn nghiệp vụ kiểm toán; đào tạo nâng cao trình độ nghiệp vụ; cung cấp trang thiết bị cho hoạt động KTNN Việt Nam. Để chuẩn bị triển khai giai đoạn III, từ cách đây hơn một năm, đại diện Kiểm toán Nhà nước Việt Nam, tổ chức GTZ tại Việt Nam với sự tham gia của chuyên gia KTNN Cộng hoà liên bang Đức đã tiến hành các cuộc thảo luận, thống nhất và ký kết Quy chế hoạt động của Dự án và Kế hoạch thực hiện giai đoạn III.
Nhằm xác định cơ sở tiếp tục triển khai Dự án, cuối năm 2003 phía CHLB Đức đã cử một đoàn chuyên gia thẩm định, đánh giá Dự án giai đoạn II. Sau khi làm việc với đại diện KTNN Việt Nam và các cơ quan kiểm tra trong lĩnh vực công như Bộ Tài chính, Thanh tra Chính phủ, Đoàn chuyên gia đã đưa ra báo cáo đánh giá kết quả đạt được, thẩm định những tác động của Dự án và xây dựng kế hoạch khung để thực hiện Dự án giai đoạn cuối. theo Báo cáo thẩm định, về cơ bản, Dự án đã đạt được các mục tiêu đặt ra cho giai đoạn II, trong thời gian tiếp theo đang có nhiều thuận lợi cho hoạt động của KTNN, đề nghị tiếp tục thực hiện giai đoạn III của Dự án. Đoàn chuyên gia cũng cho rằng, về tăng cường năng lực vật chất và cơ cấu tổ chức cho KTNN, giai đoạn II Dự án chưa có hoạt động cụ thể nào. Dự án cũng chưa có hoạt động phân tích về cơ cấu tổ chức của KTNN cũng như chưa có hoạt động tư vấn chuyên môn cho lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và kiểm toán doanh nghiệp nhà nước. Trong gia đoạn tới địa vị pháp lý của KTNN được nâng cao, có thêm nhiều nhiệm vụ mới, dự kiến có sự phát triển và đổi mới về cơ cấu tổ chức, tiếp tục hoàn thiện quy trình lập báo cáo kiểm toán, thực hiện kiểm toán hoạt động và kiểm toán chuyên đề... là những nội dung mới trong giai đoạn III của dự án. Ba mục tiêu lớn được đặt ra cho giai đoạn này gồm: nâng cao địa vị pháp lý cho hoạt động của KTNN Việt Nam theo tinh thần của tuyên bố Lima; cải thiện cơ cấu tổ chức của KTNN và tiếp tục hoàn thiện các quy trình kiểm toán.
Tháng 7/2004 hai bên đã ký kết biên bản làm việc chuẩn bị cho việc lập kế hoạch giai đoạn III, nội dung và các mục tiêu cơ bản được hai bên thảo luận và thống nhất theo những đề xuất của Đoàn chuyên gia thẩm định đã nêu trên. Kết quả cụ thể là: Luật Kiểm toán Nhà nước được Quốc hội thông qua và ban hành; tái tổ chức KTNN trung ương và khu vực phù hợp với quy định pháp quy; ban hành và đưa vào sử dụng chuẩn mực và quy trình chung, các quy trình kiểm toán đầu tư xây dựng cơ bản, quy trình kiểm toán doanh nghiệp nhà nước; trình độ cán bộ của KTNN được nâng cao, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ.
Theo Kế hoạch, hoạt động của Dự án từ nay đến năm 2007 sẽ tập trung hỗ trợ KTNN Việt Nam 5 nội dung chính: tăng cường địa vị pháp lý của KTNN theo tinh thần tuyên bố Lima; tăng cường năng lực nội bộ của KTNN; củng cố và hiện đại hoá quy trình kiểm toán và các văn bản hướng dẫn nghiệp vụ; hỗ trợ công tác bồi dưỡng cán bộ và hỗ trợ mua sắm một số trang thiết bị.
Từ cuối năm 2004, hai bên đã phối hợp thực hiện nhiều nội dung quan trọng, đặc biệt đã thống nhất dự thảo bản thoả thuận thực hiện giai đoạn III trình Thủ tướng Chính phủ Việt Nam; ký kết quy chế thực hiện và kế hoạch tổng thể cả giai đoạn III, từ 2005-2007. Ngoài ra Dự án còn hỗ trợ tổ chức Hội thảo "Địa vị pháp lý của cơ quan Kiểm toán Nhà nước" nhân kỷ niệm 10 năm thành lập; thành lập nhóm công tác bàn về hoàn thiện quy trình kiểm toán với sự tham gia của các chuyện gia ngắn hạn của Việt Nam và chuyên gia Đức với mục tiêu đề xuất chuẩn mực, quy trình kiểm toán chung cho KTNN và quy trình kiểm toán đầu tư xây dựng cơ bản, quy trình kiểm toán doanh nghiệp nhà nước.
Giai đoạn III dự kiến sẽ triển khai trong 4 năm (2004-2007), tổng số vốn là 1,5 triệu Euro do phía CHLB Đức chi trả và một phần vốn đối ứng do Việt Nam đóng góp.