Trung tâm tích hợp dữ liệu KTNN được đầu tư một hệ thống máy chủ khá hiện đại, đủ mạnh bảo đảm hoạt động đồng bộ trong một thời gian tối thiểu 10 năm, bao gồm 7 máy chủ và một số thiết bị lưu dữ liệu, thiết bị đồng bộ khác; được cài đặt các phần mềm hệ thống và phần mềm ứng dụng, phần mềm cơ sở dữ liệu thuộc loại mạnh và tiện dụng nhất hiện nay. Đến nay KTNN cũng đã xây dựng được mạng LAN nội bộ, kết nối thông 11 tầng tại trụ sở Kiểm toán Nhà nước 111 Trần Duy Hưng - Hà Nội, trang bị mới trên 200 PC cho mạng LAN, bảo đảm cho các thành viên khi tham gia mạng có thể kết nối với các đơn vị trong cơ quan, khai thác mạng diện rộng của Chính phủ, khai thác dịch vụ Internet và tra cứu thông tin dữ liệu của Trung tâm THDL...
Với mục tiêu quan trọng trước mắt là phục vụ công tác điều hành của Lãnh đạo KTNN và giới thiệu, phổ biến thông tin nghiệp vụ, trang thông tin điện tử của KTNN đã chính thức được đưa vào sử dụng, hệ thống menu được thiết kế khá tiện dụng. Đặc biệt, với sự hỗ trợ của Văn phòng Chính phủ, ngay trong tháng 6 năm 2004 KTNN đã triển khai kết nối với mạng diện rộng chính phủ, phục vụ khai thác các văn bản quy phạm pháp luật và hỗ trợ tích cực việc trao đổi thông tin. Hiện nay KTNN đang tiếp tục đẩy mạnh kế hoạch phát triển đồng bộ công nghệ thông tin trên phạm vi toàn ngành, tiến tới hoàn chỉnh mạng diện rộng KTNN, chủ trương tận dụng mạng truyền số liệu chuyên dụng của các cơ quan Đảng và Chính phủ để triển khai mạng WAN của KTNN nhằm đạt hiệu quả nhanh chóng, chất lượng và tiết kiệm chi phí.