Đề tài do CN. Hoàng Kiên Nghị và Ths. Hồ Thị Trà (KTNN chuyên ngành III) đồng chủ nhiệm.
Theo Ban Chủ nhiệm đề tài, đơn vị sự nghiệp công lập nói chung và các Trường Đại học công lập nói riêng là các đơn vị thường xuyên được lựa chọn kiểm toán khi KTNN tổ chức kiểm toán việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công của các Bộ, ngành hay kiểm toán ngân sách địa phương. Quá trình kiểm toán các Trường Đại học công lập trong những năm qua, các Đoàn kiểm toán của KTNN đã phát hiện nhiều sai sót trong thực hiện cơ chế tự chủ tài chính của các đơn vị này cũng như những bất cập của cơ chế, chính sách cần phải sửa đổi, bổ sung.
Ban Chủ nhiệm đề tài cho rằng, kết quả kiểm toán cơ chế tự chủ tại các Trường Đại học công lập cũng còn một số hạn chế, có những hoạt động tự chủ chưa được kiểm toán một cách đầy đủ, chưa đưa ra được những nhận định, đánh giá một cách rõ ràng, xác đáng như tự chủ trong thực hiện nhiệm vụ (đánh giá công tác tuyển sinh, mở ngành đào tạo, thực hiện chuẩn đầu ra, kiểm định chất lượng..), tự chủ về tổ chức bộ máy, nhân sự (việc tuyển dụng, ký hợp đồng lao động, bổ nhiệm, miễn nhiệm, thực hiện chức năng, nhiệm vụ của Hội đồng trường..), tự chủ về tài chính cũng chưa có đánh giá cho một giai đoạn hoạt động ổn định của đơn vị.
Cùng với đó, năm 2015 Chính phủ ban hành Nghị định 16/2015/NĐ-CP về cơ chế tự chủ tài chính, trong đó nội dung chính là lộ trình tính đúng, tính đủ giá dịch vụ công để đảm bảo bù đắp dần chi phí bỏ ra, tiến tới giá thu dịch vụ đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động.
Nhằm nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động các đơn vị sự nghiệp công lập, giảm gánh nặng ngân sách Nhà nước chi tiêu cho các đơn vị, đòi hỏi công tác kiểm toán đối với các đơn vị sự nghiệp giáo dục công lập cần phải được hoàn thiện khâu tổ chức thực hiện kiểm toán, trong đó kiểm toán việc thực hiện cơ chế tự chủ là nội dung kiểm toán quan trọng để nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động kiểm toán của KTNN trong lĩnh vực này. Muốn vậy đặt ra yêu cầu cần thiết phải xây dựng hướng dẫn kiểm toán nội dung này một cách cụ thể.
Để thực hiện đề tài, Ban chủ nhiệm đã tập trung nghiên cứu các quy định về cơ chế tự chủ đối với các Trường Đại học công lập; thực trạng việc thực hiện cơ chế tự chủ tại các Trường Đại học công lập; các quy trình, quy định hiện hành của KTNN có liên quan đến kiểm toán các Trường Đại học công lập. Bên cạnh đó, tổ chức nghiên cứu thực trạng hoạt động kiểm toán về cơ chế tự chủ đối với các Trường Đại học công lập công lập. Qua đó, xây dựng hướng dẫn kiểm toán tổng hợp và chi tiết đối với việc thực hiện cơ chế tự chủ tại các Trường Đại học công lập, một trong những mục tiêu quan trọng nhất của quá trình nghiên cứu.
Đề tài gồm 2 chương: Chương 1: Cơ sở lý luận và thực trạng về kiểm toán việc thực hiện cơ chế tự chủ tại các Trường đại học công lập; Chương 2: Hướng dẫn kiểm toán việc thực hiện cơ chế tự chủ đối với các Trường đại học công lập.