Quản lý thuế và kiểm toán thu ngân sách tại cơ quan thuế trong kiểm toán ngân sách địa phương

Trong những năm qua, cùng với việc nâng cao năng lực, hiệu quả và chất lượng kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước, tại các cuộc kiểm toán quyết toán ngân sách địa phương đã chú trọng tổ chức kiểm toán chuyên sâu theo từng lĩnh vực, từng khâu trong quản lý, điều hành ngân sách và đã đạt được kết quả tích cực. Đối với kiểm toán công tác quản lý thu ngân sách tại cơ quan thuế đã kiến nghị xử lý, khắc phục những hạn chế, sai phạm và kiến nghị tăng thu hàng ngàn tỷ đồng cho ngân sách Nhà nước. Các kết quả phân tích này nhằm đưa ra một số gợi ý hữu ích đối với việc tổ chức hoạt động kiểm toán thu ngân sách tại cơ quan thuế trong kiểm toán ngân sách địa phương.


Kết quả kiểm toán với sự đóng góp từ kiểm toán lĩnh vực thu thuế ngân sách tại cơ quan Thuế có ý nghĩa quan trọng đối với công tác quản lý, điều hành ngân sách Nhà nước cũng như đối với kết quả hoạt động của Kiểm toán Nhà nước. Tuy nhiên, công tác kiểm toán việc quản lý thu ngân sách tại cơ quan thuế ở địa phương của Kiểm toán Nhà nước khu vực còn hạn chế nhất định, một mặt do tính chất phức tạp của công tác quản lý thuế, mặt khác Kiểm toán Nhà nước khu vực tuy đã tiến hành kiểm toán hàng năm tại các cơ quan Thuế nhưng chưa tổng kết, đánh giá thực trạng, xây dựng nội dung, phương pháp kiểm toán để hướng dẫn thống nhất thực hiện, đội ngũ kiểm toán viên chưa nắm bắt đầy đủ chính sách thuế và cơ chế vận hành, quản lý thu thuế, chưa có kỹ năng, nghiệp vụ sâu về kiểm toán đối với lĩnh vực này.
 
Để giải quyết những tồn tại trên, việc nghiên cứu về “Quản lý thuế và kiểm toán thu ngân sách tại Cơ quan thuế ở địa phương” là hết sức cần thiết, góp phần định hướng thống nhất chung cho việc tổ chức, thực hiện các cuộc kiểm toán quyết toán ngân sách địa phương.  
 
Vai trò, đặc điểm của kiểm toán thu ngân sách tại Cục thuế trong kiểm toán ngân sách địa phương
 
Hoạt động của các cấp chính quyền và các cơ quan chức năng địa phương trong lĩnh vực quản lý tiền, tài sản, ngân sách nhà nước bao gồm nhiều lĩnh vực với đặc điểm về chính sách, về chuyên môn quản lý, về hệ thống cơ quan quản lý nhà nước với chức năng khác nhau. Do vậy, trong kiểm toán ngân sách địa phương cần thiết tổ chức phân chia thành những lĩnh vực chuyên môn sâu như: về quản lý thu, về quản lý đầu tư xây dựng cơ bản, về chi ngân sách, về công tác quản lý, điều hành ngân sách, về quản lý các nguồn lực quan trọng là tiền, tài sản nhà nước như về đất đai, tài nguyên khoáng sản, quản lý vốn, tài sản tại Doanh nghiệp Nhà nước... Trong đó, quản lý thuế là một trong những nội dung quan trọng; nguồn thu thuế và các khoản thu khác do ngành thuế quản lý là nguồn thu chủ yếu của ngân sách, là một bộ phận của báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước. Kết quả kiểm toán phần thu được tổng hợp thành bộ phận của báo cáo kiểm toán và được Kiểm toán Nhà nước tổng hợp cùng với kết quả kiểm toán của các ngành, địa phương đơn vị được kiểm toán làm căn cứ để Quốc hội, Chính phủ, Hội đồng nhân dân và các cơ quan quản lý nhà nước và tổ chức cơ quan khác của Nhà nước sử dụng trong công tác quản lý, điều hành và thực thi nhiệm vụ của mình theo quy định của pháp luật.
 
Việc quản lý thu ngân sách tại địa phương là Tỉnh, Thành phố trực thuộc trung ương có phạm vi rộng, đối tượng chịu tác động nhiều, nên kiểm toán lĩnh này trong cuộc kiểm toán ngân sách địa phương có những đặc điểm riêng, đặc trưng, trong đó có ba vấn đề cần lưu ý để tổ chức hoạt động kiểm toán và áp dụng phương pháp kiểm toán phù hợp như sau:
 
Thứ nhất, cơ quan thuế địa phương (gồm Cục thuế và các Chi cục thuế trực thuộc) được tổ chức tập trung, thống nhất theo hệ thống ngành dọc, trực thuộc Tổng cục thuế, nhưng thực hiện chức năng của mình trên địa bàn tại một địa phương cụ thể, nên chịu sự chỉ đạo, điều hành, quản lý nhà nước lĩnh vực thuế của cấp chính quyền địa phương tương ứng. Mặc khác, công tác quản lý thuế của cơ quan thuế là một bộ phận của công tác quản lý ngân sách nhà nước, nhiều nội dung quản lý do cơ quan thuế thực hiện chỉ là một khâu trong quy trình nhiều nghiệp vụ do nhiều cơ quan chức năng tại địa phương thực hiện, như các quản lý thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất,... theo quy định hiện hành, có liên quan hoạt động quản lý của UBND tỉnh, Sở Tài chính, Sở Tài nguyên và Môi trường,... Do vậy, việc đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ cần lưu ý cả về các quy trình, quy định về tổ chức quản lý thu thuế, về hệ thống kiểm tra, kiểm soát của hệ thống cơ quan thuế (Bộ Tài chính, Tổng cục thuế, Cục thuế), còn phải  lưu ý hệ thống các quy định của địa phương, hệ thống các cơ quan kiểm tra, thanh tra, kiểm soát tại địa phương.
 
Thứ hai, trong hoạt động kiểm toán thu ngân sách tại địa phương, đối tượng kiểm toán là công tác điều hành, quản lý của Cơ quan thuế và các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan tại địa phương. Nhưng nguồn thu ngân sách phát sinh từ hoạt động sản xuất kinh doanh, từ sự kiện phát sinh nghĩa vụ với ngân sách nhà nước của các doanh nghiệp, cá nhân. Mặt khác, theo phương thức quản lý thu nộp thuế được quy định tại Luật quản lý thuế hiện hành, đối tượng nộp thuế tự khai, tự nộp, tự chịu trách nhiệm về số liệu, nội dung kê khai và tuân thủ quy định của Luật thuế, nên trong tổ chức kiểm toán, ngoài đối tượng kiểm toán, cần xác định đối tượng có liên quan đến hoạt động kiểm toán thu ngân sách là các đối tượng nộp thuế, đồng thời với phạm vi kiểm toán khá rộng, cần phải chú trọng về xác định trọng yếu, rủi ro kiểm toán, phương pháp kiểm toán phù hợp với giới hạn về thời gian, nhân sự cụ thể của một cuộc kiểm toán ngân sách địa phương.
 
Thứ ba, quản lý thuế là một hoạt động có nhiều nội dung, nhiều mặt công tác, nó liên quan đến nhiều chính sách, chế độ khác nhau (cả về phương diện chính sách và cơ chế thực hiện), một niên độ quản lý, nhưng có nhiều sự kiện phát sinh ở nhiều niên độ chịu sự điều chỉnh của các chính sách, quy định pháp luật khác nhau, như: các Luật thuế, Pháp lệnh thuế và các văn bản hướng dẫn thực hiện, Luật quản lý thuế, Luật đất đai và chính sách thu tiền sử dụng đất, thuê đất, chính sách ưu đãi đầu tư, miễn giảm thuế … đòi hỏi việc lập kế hoạch kiểm toán, tổ chức công tác kiểm toán lĩnh vực này phải bố trí nhân sự có chuyên môn tương ứng và thời gian kiểm toán phù hợp.
 
Mục tiêu, yêu cầu kiểm toán quản lý thuế trong kiểm toán ngân sách địa phương
 
Kiểm toán quản lý thuế là một bộ phận trong kiểm toán ngân sách địa phương, nên yêu cầu phải hướng đến mục tiêu chung của cuộc kiểm toán tiền, tài sản, ngân sách nhà nước tại địa phương, đó là: Đánh giá tính trung thực, khách quan của Báo cáo quyết toán ngân sách; Đánh giá việc tuân thủ pháp luật trong quản lý, điều hành ngân sách nhà nước; Đánh giá tính kinh tế, hiệu quả, hiệu lực trong quản lý, sử dụng ngân sách nhà nước. Theo đó, mục tiêu của kiểm toán quản lý thuế cụ thể như sau:
 
-    Xác nhận tính đúng đắn, trung thực, hợp lý của báo cáo quyết toán thu ngân sách nhà nước, cung cấp thông tin để Hội đồng nhân dân các cấp phê chuẩn Báo cáo quyết toán thu ngân sách nhà nước. Đây là mục tiêu cơ bản của loại hình kiểm toán xác nhận, để thực hiện mục tiêu này cần phải tổ chức phối hợp với kiểm toán tại Sở Tài chính, Kho bạc Nhà nước, Cục thuế.
 
-    Đánh giá tính hợp lý của dự toán và việc tuân thủ các quy định hiện hành của Nhà nước về công tác lập và giao dự toán thu NSNN; đánh giá tình hình thực hiện dự toán thu NSNN trên địa bàn năm ngân sách được kiểm toán thuộc phạm vi quản lý của cơ quan quản lý thuế.
 
-    Đánh giá việc tuân thủ Luật Ngân sách Nhà nước, Luật kế toán, các Luật thuế, Luật quản lý thuế và văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan trong quản lý, điều hành thu ngân sách nhà nước của cơ quan Thuế và các cơ quan chức năng tại địa phương.
 
-    Thông qua kiểm toán tại cơ quan quản lý thuế tại địa phương, đánh giá việc tuân thủ pháp luật về thuế, quản lý thuế và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với người nộp thuế; chỉ ra các thiếu sót, sai phạm (nếu có) của người nộp thuế liên quan đến việc thực hiện nghĩa vụ thuế để kiến nghị với cơ quan Nhà nước có thẩm quyền xử lý kịp thời, nhằm đảm bảo thu đúng, thu đủ và đúng thời hạn theo quy định của pháp luật cho ngân sách Nhà nước.
 
-    Thông qua hoạt động kiểm toán, chỉ ra các bất cập, tồn tại về chính sách thuế và cơ chế quản lý thuế để kiến nghị với cơ quan Nhà nước có thẩm quyền chấn chỉnh, sửa đổi, ban hành mới kịp thời hoặc bổ sung các văn bản quy phạm pháp luật về thuế và quản lý thuế nhằm góp phần động viên đầy đủ, kịp thời và đúng đối tượng các nguồn thu cho NSNN.
 
-    Đánh giá việc tuân thủ pháp luật về thuế, quản lý thuế và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan theo chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn được giao đối với cơ quan quản lý thuế; chỉ ra các thiếu sót, sai phạm để xác định trách nhiệm của tập thể và cá nhân có liên quan.
 
-    Đánh giá tính kinh tế, tính hiệu quả, hiệu lực của hoạt động quản lý thuế.
 
-    Ngoài ra, theo tình hình thực tế của thời kỳ kiểm toán, niên độ kiểm toán tại địa phương, có thể xác định các mục tiêu kiểm toán cụ thể khác, như tình hình quản lý, sử dụng đất đai, thu tiền sử dụng đất, thuê đất, tình hình quản lý tài nguyên khoáng sản,...
 
Nội dung kiểm toán
 
Nội dung kiểm toán chủ yếu tại cơ quan thuế là kiểm toán việc chấp hành chính sách, chế độ về thu ngân sách nhà nước của cơ quan thuế trong công tác quản lý thu thuế, như: Kiểm toán việc chấp hành chính sách, chế độ về thu ngân sách nhà nước khi kiểm tra – thanh tra thuế, miễn giảm thuế, tính và thu tiền sử dụng đất, quản lý thu tiền thuê đất, quản lý thu đối với hộ gia đình cá nhân kinh doanh, công tác quản lý nợ thuế, bên cạnh đó, ngoài nội dung kiểm toán việc chấp hành chính sách chế độ về thu ngân sách của cơ quan thuế, cần kiểm toán để đánh giá việc chấp hành chính sách thuế của người nộp thuế, từ đó có kiến nghị phù hợp đối với cơ quan thuế trong việc chấn chỉnh công tác quản lý thu thuế trên địa bàn.
 
Dựa trên đánh giá rủi ro kiểm toán, quy mô thu, chi hoặc những hoạt động quan trọng phục vụ cho phát triển kinh tế - xã hội trong từng thời kỳ của địa phương hoặc gắn liền với các chương trình Quốc gia để xác định:
 
- Các nội dung trọng tâm kiểm toán thu ngân sách nhà nước trên địa bàn: đối với thu của các cơ quan tổ chức thu ngân sách cấp tỉnh, cấp huyện và cấp xã.
 
- Các nội dung trọng tâm khác liên quan đến các mục tiêu kiểm toán tuân thủ và kiểm toán hoạt động.
 
Theo các bước của chu trình ngân sách, có thể xác định những nội dung cơ bản của kiểm toán tại cơ quan thuế trong kiểm toán ngân sách địa phương như sau:
 
(1) Lập và giao dự toán thu đối với các khoản thu nội địa:
 
- Kiểm toán để đánh giá công tác lập và giao dự toán thu ngân sách nhà nước của Ủy ban nhân dân tỉnh (thông qua kiểm toán tại Cơ quan thuế ở địa phương, với tư cách là cơ quan tham mưu cho Ủy ban nhân dân tỉnh về công tác lập và giao dự toán thu ngân sách) về tính tích cực, bao quát hết nguồn thu, phù hợp với tốc độ tăng trưởng kinh tế trên địa bàn và phù hợp với định hướng của Thủ tướng Chính phủ.
 
- Kiểm tra, đánh giá các căn cứ về cơ sở lập dự toán thu; công tác phân bổ và giao dự toán thu NSNN trên địa bàn của cơ quan thuế, trong đó tập trung phân tích:
 
+ Các chỉ tiêu về lập dự toán thu ngân sách; phân tích các chỉ tiêu của Báo cáo thu ngân sách năm trước, dự kiến khả năng thu của năm kế hoạch, đối chiếu với các quy định của pháp luật về thuế hiện hành để xác định khả năng thu phát sinh trên địa bàn;
 
+ Đối chiếu và so sánh các căn cứ xây dựng dự toán do cơ quan thuế các cấp lập so với tình hình thực hiện năm trước và số lượng đăng ký, cấp mới mã thuế của các đối tượng nộp thuế;
 
+ Phân tích khả năng phát sinh thu của các doanh nghiệp trên địa bàn và việc giao dự toán của cơ quan cấp trên về từng chỉ tiêu để đánh giá tính phù hợp thực tế, phù hợp căn cứ xây dựng của việc xây dựng và giao dự toán.
 
(2) Chấp hành ngân sách:
 
- Đánh giá tình hình thực hiện dự toán thu ngân sách so với dự toán Trung ương và dự toán Hội đồng nhân dân tỉnh giao, xác định nguyên nhân của các chỉ tiêu không đạt hoặc vượt dự toán được giao. Đánh giá việc chấp hành dự toán thu NSNN trên các chỉ tiêu thu gắn với từng loại thuế, trong đó cần lưu ý xác định chính xác số phải thu, số đã thu và số còn phải thu; việc thực hiện điều tiết giữa các cấp ngân sách, việc phản ánh số thu ngân sách có kịp thời, đúng niên độ, đúng mục lục ngân sách theo quy định của Luật NSNN và các văn bản hướng dẫn hay không.
 
- Kiểm tra, đánh giá và xác nhận tính đúng đắn, trung thực và hợp lý của Báo cáo thực hiện dự toán thu NSNN trên địa bàn năm ngân sách được kiểm toán cần tập trung phân tích các nội dung, như: Trên cơ sở tổng hợp kết quả kiểm toán của các khâu trong quy trình quản lý thuế, gắn với việc tuân thủ pháp luật về thuế và quản lý thuế của cơ quan quản lý thuế và của người nộp thuế để phân tích, xác định mức độ chính xác của từng chỉ tiêu số liệu; Phân tích các chỉ tiêu số liệu của các báo cáo thực hiện dự toán thu NSNN để đánh giá mức độ hợp lý, bất hợp lý của các chỉ tiêu thu, từ đó tìm nguyên nhân làm cơ sở kiểm tra, đối chiếu tình hình thực hiện các loại thuế gắn với từng đối tượng thực hiện nghĩa vụ thuế; kiểm tra xác định từng chỉ tiêu, theo từng sắc thuế cụ thể, chú trọng các khoản thu lớn như: thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp... so sánh với các chỉ tiêu trong các báo cáo quyết toán thu ngân sách từ khu vực doanh nghiệp Nhà nước, khu vực doanh nghiệp ngoài quốc doanh, thu về phí và lệ phí. Trong trường hợp có chênh lệch, hoặc có nghi vấn thì cần phải kiểm tra, đối chiếu với đối tượng nộp thuế hoặc Kho bạc Nhà nước về từng khoản thu có chênh lệch lớn.
 
Trên cơ sở đó, đưa ra các nhận xét đánh giá về tình hình thực hiện, nguyên nhân chủ quan và khách quan đối với các khoản thu không đạt chỉ tiêu so với dự toán, trong đó: đối với các khoản thu từ doanh nghiệp Nhà nước, trên cơ sở đối chiếu hồ sơ, số liệu kiểm toán tại cơ quan thuế, tiến hành so sánh và đánh giá từng chỉ tiêu cụ thể, như:
tổng hợp tự kê khai thuế, tự nộp thuế của từng đối tượng nộp thuế với quyết toán thuế để xác định số phải nộp, số đã nộp, số còn phải nộp và số liệu theo dõi trên hồ sơ của cơ quan thuế, để đưa ra kết luận cho phù hợp; trường hợp kiểm tra, đối chiếu số liệu, hồ sơ, chứng từ có liên quan với đối tượng nộp thuế cần phải đưa vào kế hoạch kiểm toán chi tiết; Đối với các khoản thu từ khu vực ngoài quốc doanh, các hộ thu thuế theo phương pháp trực tiếp, tập trung kiểm tra công tác lập bộ, duyệt bộ thuế, quyết toán thuế (thuế môn bài, thuế GTGT và thuế TNDN), nhằm xác định tổng số đối tượng nộp thuế, số phải nộp, số đã nộp, số còn tồn đọng (theo từng loại thuế, từng đối tượng) cũng như mức độ hợp lý của việc phân loại xếp bậc môn bài và doanh thu tính thuế để ấn định thuế;
 
+ Đối với các hộ thu thuế theo phương pháp khấu trừ phải tiến hành kiểm tra việc mở sổ, lập báo cáo kế toán và việc quản lý, sử dụng hoá đơn GTGT để có cơ sở kết luận chính xác việc khấu trừ thuế và hoàn thuế GTGT theo quy định của pháp luật, sau đó so sánh với số liệu trên báo cáo thu thuế khu vực ngoài quốc doanh và báo cáo nợ đọng thuế để đưa ra kết luận về tính tuân thủ của công tác lập bộ, duyệt bộ, quyết toán của cơ quan thuế và thực hiện nghĩa vụ thuế của đối tượng nộp thuế.
 
+ Đối với việc quản lý thu phí và lệ phí: Kiểm tra số liệu trên báo cáo tình hình thu phí để xác định tổng số các loại phí đã thu với báo cáo quyết toán sử dụng biên lai thu phí của đối tượng, từ đó xác định số phải thu, số đã nộp và số còn phải nộp, sau đó so sánh với số liệu trên báo cáo đối chiếu số thu với Kho bạc Nhà nước để đưa ra ý kiến đánh giá và kết luận kiểm toán.
 
+ Đối với các khoản thu có liên quan đến nhà, đất (thuế nhà, đất, tiền sử dụng đất, tiền thuê đất…) cần tập trung kiểm tra, đánh giá tổng thể tình hình quản lý, theo dõi, đôn đốc việc thu nộp các khoản thu có liên quan đến nhà, đất của cơ quan thuế, như: số phải nộp, số đã nộp, số còn nợ,...
 
+ Đánh giá việc thực hiện hợp đồng ủy nhiệm thu thuế và hoạt động của Hội đồng tư vấn thuế xã, phường.
 
-    Kiểm tra, đánh giá tính tuân thủ pháp luật của việc cấp chứng nhận đăng ký thuế, cấp mã số thuế; việc quản lý của cơ quan quản lý thuế đối với người nộp thuế sau khi cấp chứng nhận đăng ký thuế, cấp mã số thuế.
 
-    Kiểm toán việc tuân thủ pháp luật, chính sách, chế độ về thu ngân sách nhà nước từ các lĩnh vực của cơ quan thuế, cụ thể như: chấp hành các chính sách, chế độ về thu ngân sách nhà nước trong việc kê khai thuế, kê khai miễn giảm thuế, hoàn thuế của đối tượng nộp thuế và công tác quản lý, kiểm tra, thanh tra của cơ quan thuế đối với việc kê khai của đối tượng nộp thuế. Lưu ý, khi kiểm toán việc tuân thủ tại cơ quan thuế, cần phân biệt rõ trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc quản lý thuế, kiểm tra, thanh tra thuế và trách nhiệm của người nộp thuế trong việc kê khai thuế.
 
Đối với công tác thanh tra, kiểm tra thuế cần tập trung kiểm toán việc chấp hành chế độ kiểm tra thuế, kiểm toán thuế, xử lý vi phạm sau thanh tra, kiểm tra trong đó:
 
+ Về kiểm tra thuế: đánh giá việc thực hiện quy trình, thủ tục kiểm tra, gồm kiểm tra tại cơ quan thuế (theo quy định là kiểm tra toàn bộ tờ khai thuế) và kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế; việc xác định nội dung kiểm tra và lựa chọn đối tượng kiểm tra khi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế; việc áp dụng quy định pháp luật trong xử lý sai phạm, tình hình xử lý sau kiểm tra thuế; đánh giá những sai phạm trong nội dung kê khai thuế của đối tượng nộp thuế, nhưng không được cơ quan thuế kiểm tra, xử lý (hoặc kiểm tra không phát hiện). Đối với kiểm tra về hoàn thuế GTGT cần đánh giá việc tuân thủ quy định trong xác định của cơ quan thuế đối với các trường hợp hoàn thuế trước, kiểm tra sau; kiểm tra trước, hoàn thuế sau; xác định các trường hợp hoàn thuế có nghi vấn. Qua đó, đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế, quản lý thuế và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan;
 
+ Về Thanh tra thuế: tập trung kiểm toán việc xây dựng kế hoạch thanh tra, thực hiện quy trình thanh tra, xử lý kết quả sau thanh tra có đảm bảo tuân thủ đúng quy định của Luật Quản lý thuế, Luật Kiểm toán và các văn bản pháp luật có liên quan.
 
Đối với việc miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế: Kiểm tra hồ sơ kê khai miễn thuế, giảm thuế hoặc hoàn thuế (chủ yếu thuế giá trị gia tăng) của các đối tượng nộp thuế lưu tại cơ quan thuế, phân loại miễn, giảm, hoàn, ưu đãi thuế đối với từng lĩnh vực, mặt hàng,...để xác định mức độ hợp lý của từng hồ sơ.
 
Trên cơ sở xác định hồ sơ kê khai thuế, kê khai miễn thuế, giảm thuế hoặc hoàn thuế có nghi vấn, nhưng công tác kiểm tra, thanh tra của cơ quan Thuế chưa xác định, xử lý hoặc xử lý không đúng quy định, tiến hành tổ chức thu thập thêm thông tin, bằng chứng kiểm toán thông qua việc đối chiếu với doanh nghiệp (đối tượng có liên quan đến hoạt động kiểm toán có trách nhiệm cung cấp theo quy định tại Điều 10, Luật Kiểm toán Nhà nước) thông qua việc kiểm tra, đối chiếu tại trụ sở đối tượng nộp thuế hoặc tại cơ quan Thuế, qua đó có kết luận kiểm toán phù hợp.
 
-    Kiểm tra các tài khoản tạm thu, tạm giữ, trong đó cần chú ý đối chiếu số liệu giữa số báo cáo của cơ quan thuế và số liệu của Kho bạc Nhà nước; đánh giá việc xử lý, thực hiện nộp NSNN có đảm bảo kịp thời, đúng pháp luật, kiểm tra các khoản chi phí trong quá trình xử lý vi phạm (Từ tháng 7/2011, theo quy định của Bộ Tài chính, Cơ quan thuế không còn mở tài khoản  tạm thu, tạm giữ).
 
-    Kiểm tra việc thực hiện ấn định các yếu tố liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp của cơ quan thuế, trong đó trọng tâm cần kiểm tra là việc xác định đối tượng ấn định thuế và căn cứ ấn định thuế.
 
-    Kiểm toán công tác quản lý nợ thuế, bao gồm: việc quản lý đầy đủ, số liệu theo dõi, quản lý về nợ đúng đắn, tình hình nợ đọng, phân loại nợ, thời hạn nợ, thực trạng nợ có khả năng thu, nợ không có khả năng thu và nợ chờ xử lý. Đánh giá việc thực hiện quy trình quản lý thu nợ, áp dụng các biện pháp cưỡng chế, nguyên nhân nợ quá hạn, trách nhiệm để thất thoát nguồn thu do chưa thực hiện đầy đủ các biện pháp thu nợ để đối tượng nợ thuế phá sản, bỏ trốn (nếu có),...
 
-    Về xử lý vi phạm, xoá nợ thuế và giải tỏa cưỡng chế thuế: cần kiểm tra, đối chiếu việc thực hiện các quyết định xử phạt, xoá nợ thuế và giải tỏa cưỡng chế thuế đánh giá tính tuân thủ quy định pháp luật trong xử lý theo đúng đối tượng, thẩm quyền, thời hạn.
 
-    Kiểm tra, đánh giá việc in, phát hành, quản lý, sử dụng hóa đơn, ấn chỉ cần chú ý việc thực hiện chế độ in, phát hành (cấp, bán), sử dụng và quản lý hóa đơn; tình hình quản lý, sử dụng biên lai thu tiền xử phạt vi phạm hành chính, trong đó tập trung kiểm tra kết quả xử lý các trường hợp mất, hỏng, thất lạc và sử dụng hóa đơn không đúng quy định đối với người nộp thuế của cơ quan thuế.
 
-    Đánh giá việc chấp hành kế toán thuế, trong đó chú ý đến việc thực hiện tổ chức công tác kế toán của cơ quan thuế các cấp gồm: Cục và Chi cục; công tác mở sổ theo dõi chi tiết các tài khoản thu NSNN, tình hình thực hiện chế độ báo cáo thu nộp thuế, thực hiện đối chiếu giữa cơ quan thuế và Kho bạc Nhà nước; phân tích khó khăn, vướng mắc trong việc áp dụng kế toán thuế.
 
-    Việc tính, xác định các khoản thu ngân sách như: tính tiền sử dụng đất, thuế nhà đất, thuế chuyển quyền sử dụng đất, lệ phí trước bạ, thuế thu nhập cá nhân...

Theo Tạp chí Nghiên cứu khoa học kiểm toán số 96 - 10/2015