(1) Giai đoạn 2021-2025, tỉnh Khánh Hòa đã tập trung nguồn lực đầu tư công cho các lĩnh vực hạ tầng giao thông, thủy lợi, chỉnh trang đô thị, nông nghiệp, y tế, giáo dục và ứng phó biến đổi khí hậu, từng bước cụ thể hóa quy hoạch được duyệt, tăng cường kết nối vùng, cải thiện điều kiện dân sinh và tạo động lực phát triển kinh tế - xã hội địa phương. Nhìn chung, công tác quản lý, điều hành kế hoạch đầu tư công trung hạn được HĐND, UBND các cấp quan tâm chỉ đạo; việc phân bổ, điều chỉnh kế hoạch vốn theo khả năng cân đối ngân sách và yêu cầu thực tế của địa phương; công tác lập, thẩm định, phê duyệt dự án, lựa chọn nhà thầu, quản lý chất lượng, nghiệm thu, thanh toán và quyết toán dự án được thực hiện theo quy định của Luật Đầu tư công, Luật Xây dựng, Luật Đấu thầu và các văn bản hướng dẫn có liên quan.

(2) Trong giai đoạn 2023-2025, công tác quản lý thuế chịu tác động đồng thời của việc triển khai các chính sách miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế quy mô lớn và quá trình sắp xếp, tổ chức lại bộ máy Ngành thuế theo mô hình mới. Về cơ bản, Thuế tỉnh Khánh Hòa đã thực hiện công tác quản lý nhà nước theo quy định của Luật quản lý thuế, các luật thuế và các văn bản pháp luật khác có liên quan về hoàn thuế, miễn, giảm, gia hạn thuế. Việc thực hiện các chính sách miễn, giảm, gia hạn thuế, hoàn thuế đã tác động tích cực đến hoạt động của doanh nghiệp, hỗ trợ người nộp thuế (NNT) vượt qua giai đoạn khó khăn, góp phần cùng cả nước hoàn thành mục tiêu ổn định và phát triển kinh tế - xã hội.

Tuy nhiên qua kiểm toán cho thấy công tác quản lý, sử dụng vốn đầu tư công; công tác thanh tra, kiểm tra thuế; miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế; hoàn thuế GTGT còn một số tồn tại cơ bản cần khắc phục như sau:

I. Đối với Chuyên đề việc quản lý, sử dụng vốn đầu tư công giai đoạn 2021-2025 của tỉnh Khánh Hòa

1. Công tác điều hòa, phân bổ nguồn vốn đầu tư công của Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021-2025; tỷ lệ giải ngân vốn đầu tư công bình quân, tỷ lệ dự án hoàn thành giai đoạn 2021-2025 theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 1 Nghị quyết số 29/2021/QH15

- Tỷ lệ giải ngân vốn đầu tư công trong giai đoạn 2021-2025 đạt 88,5%, chưa đạt mức phấn đấu 90% theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 1 Nghị quyết số 29/2021/QH15 ngày 28/7/2021 của Quốc hội. Nguyên nhân, do giai đoạn 2021-2025 địa phương chịu ảnh hưởng của dịch bệnh Covid-19 kéo theo việc thực hiện giản cách xã hội; bão lũ thiên tai và một phần do vướng công tác giải phóng mặt bằng ảnh hưởng đến tiến độ giải ngân của các dự án.

- Đến hết niên độ 2025 có một số dự án chưa giải ngân kịp thời kế hoạch vốn được giao, phải kéo dài thời gian thực hiện và giải ngân sang năm 2026; hủy bỏ nguồn vốn không đủ điều kiện chuyển nguồn.

- Địa phương chưa nộp trả NSTW 2.641 triệu đồng kinh phí hết thời gian thực hiện và giải ngân vốn theo khoản 2 Điều 72 Luật Đầu tư công số 58/2024/QH15 năm 2024 (Được sửa đổi bởi điểm b khoản 33 Điều 7 Luật số 90/2025/QH15 ngày 25/6/2025 của Quốc hội) là chưa đúng quy định tại khoản 2 Điều 9 Thông tư số 26/2026/TT-BTC ngày 25/3/2026 của Bộ Tài chính.

2. Công tác quản lý, theo dõi và tổng hợp báo cáo về công tác thực hiện chủ trương đầu tư, phê duyệt dự án đầu tư, kế hoạch lựa chọn nhà thầu, đánh giá tổng hợp quyết toán dự án hoàn thành

- Có 53 dự án sau khi được phê duyệt chủ trương đầu tư phải dừng thực hiện, trong đó: có 33 dự án chưa được bố trí vốn; 20 dự án đã được bố trí vốn với tổng nguồn vốn đã bố trí là 33.313 triệu đồng. Nguyên nhân dừng do thực hiện mô hình chính quyền địa phương 02 cấp, sáp nhập một số đơn vị hành chính cấp xã, không tổ chức cấp huyện.

- Còn 05 dự án do cấp tỉnh quản lý chậm lập Báo cáo quyết toán. Đến thời điểm kiểm toán, có 03 dự án đã nộp hồ sơ quyết toán.

3. Việc chỉ đạo điều hành của địa phương: UBND tỉnh Khánh Hòa ủy quyền cho Giám đốc Sở Tài chính phê duyệt quyết toán dự án nhóm C theo Quyết định số 2475/QĐ-UBND ngày 13/12/2025, tuy nhiên tại Điều 2 của Quyết định này chưa xác định thời hạn cụ thể theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 14 Luật Tổ chức chính quyền địa phương năm 2025.

4. Việc chấp hành pháp luật, chế độ quản lý dự án đầu tư xây dựng tại các dự án được kiểm toán chi tiết

(1) Công tác lập, thẩm định và phê duyệt chủ trương đầu tư, điều chỉnh chủ trương đầu tư, quyết định đầu tư, quyết định điều chỉnh dự án đầu tư

- Phê duyệt dự án xây dựng Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh thuộc Dự án Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh có hướng tuyến giao cắt với quy hoạch hướng tuyến đường sắt tốc độ cao nhưng chưa xin ý kiến Bộ Giao thông và Vận tải (trước sáp nhập) về quy hoạch hướng tuyến đường sắt tốc độ cao theo Quy hoạch mạng lưới đường sắt quốc gia thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 1769/QĐ-TTg ngày 19/10/2021.

- Dự án Thành phần 1: Dự án xây dựng Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh thuộc Dự án Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh: Công tác khảo sát nguồn vật liệu đất đắp chỉ căn cứ trữ lượng tổng thể của các mỏ, chưa đánh giá đầy đủ công suất khai thác được phép hàng năm theo yêu cầu tại mục 7.1.6, mục 7.3.6 TCCS 31:2020/TCĐBVN.

(2) Công tác khảo sát và lập, thẩm định, phê duyệt thiết kế - dự toán

- Tại các Chủ đầu tư, Ban Quản lý dự án được kiểm toán chi tiết, dự toán còn tính trùng, tính thừa khối lượng so với hồ sơ thiết kế.

- Dự án Xây dựng trụ sở làm việc Tỉnh ủy, Đoàn đại biểu Quốc hội và Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa: Một số đơn giá vật liệu không có trong Công bố giá của Sở Xây dựng, tuy nhiên đơn vị tư vấn thiết kế chưa thực hiện thu thập báo giá tại nơi xây dựng công trình theo quy định tại mục 1.2.1.1 Phụ lục IV Thông tư 11/2021/TT-BXD; xác định giá một số vật tư, vật liệu chưa phù hợp báo giá của nhà cung cấp và còn tính sai khối lượng một số hạng mục trong dự toán.

(3) Công tác lựa chọn nhà thầu, thương thảo và ký kết hợp đồng

- Dự án Hệ thống cấp nước sinh hoạt các xã Cánh Bắc: Khánh Bình, Khánh Đông, Khánh Hiệp: Chủ đầu tư ký phụ lục hợp đồng gia hạn thời gian thực hiện gói thầu khi chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt điều chỉnh tiến độ dự án chưa phù hợp quy định tại khoản 3 Điều 39 Nghị định số 37/2015/NĐ-CP ngày 22/4/2015 của Chính phủ về hợp đồng xây dựng.

- Dự án Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn (giai đoạn 2): Chủ đầu tư ký kết hợp đồng gói thầu thi công xây dựng và lắp đặt thiết bị PCCC có thời gian thực hiện 240 ngày kể từ tháng 8/2024 là vượt ngoài thời gian tiến độ thực hiện dự án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt tại Quyết định số 2027/QĐ-UBND ngày 24/8/2023 của UBND tỉnh Khánh Hòa (thời gian thực hiện 2022 - 2024) chưa phù hợp với quy định tại điểm 4, điều 70 Luật đấu thầu số 22/2023/QH15 ngày 23/6/2023.

- Hồ sơ mời thầu gói thầu xây lắp của các dự án (Dự án Trường Tiểu học Diên Lạc; Đường D1 (từ Tỉnh lộ 2 - Quốc lộ 27C); Dự án xây dựng Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh thuộc Dự án Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh) chưa ghi cụ thể mức tạm ứng, số lần tạm ứng hợp đồng xây dựng theo quy định tại khoản 3 Điều 18 Nghị định số 37/2015/NĐ-CP.

- Chủ đầu tư chưa đăng tải đầy đủ kết quả lựa chọn nhà thầu (đối với các gói thầu chỉ định thầu rút gọn) trên hệ thống mạng đấu thầu quốc gia, Báo đấu thầu, chưa phù hợp quy định tại khoản 1 Điều 8 Luật Đấu thầu (Dự án Đường vành đai phía Bắc tỉnh Ninh Thuận (đoạn từ đèo Khánh Nhơn đến Quốc lộ 1); Đầu tư hoàn chỉnh kênh đường ống cấp II và kênh cấp III thuộc Hệ thống thủy lợi Sông Cái - Tân Mỹ; Dự án thành phần 2: Đoạn từ Quốc lộ 1 đến Cảng biển tổng hợp Cà Ná thuộc dự án Đường nối từ cao tốc Bắc - Nam với Quốc lộ 1 và Cảng biển tổng hợp Cà Ná; Kè suối Ông Cào, xã Cam Phước Đông, thành phố Cam Ranh; Cải tạo, nâng cấp hệ thống thoát lũ của 02 hồ chứa nước Suối Hành, Tà Rục).

(4) Kiểm toán nguồn vốn

- Tại Ban QLDA phát triển tỉnh Khánh Hoà: Kế hoạch vốn trong năm 2025 chưa ưu tiên bố trí đủ vốn cho các dự án (Dự án Trụ sở làm việc Tỉnh ủy, Đoàn Đại biểu Quốc hội và Hội đồng nhân dân tỉnh, Ủy ban nhân dân tỉnh số tiền 15.740,5 triệu đồng; Dự án Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn số tiền 1.397 triệu đồng) hoàn thành trong năm 2025 theo tiến độ được cấp có thẩm quyền phê duyệt được quy định tại điểm đ Khoản 4 Điều 51 Luật Đầu tư công 2019; quá trình thực hiện các dự án này đã hoàn thành trong năm 2025 và dự án đã bàn giao đưa vào sử dụng nhưng năm 2026 chưa bố trí kế hoạch vốn để thanh toán khối lượng hoàn thành cho các dự án theo quy định tại khoản 4 Điều 54 Luật Đầu tư công 2024.

- Tại Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình Nông nghiệp và Giao thông tỉnh Khánh Hòa: (i) Dự án Thành phần 1: Dự án xây dựng Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh thuộc Dự án Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh có tỷ lệ giải ngân chưa đạt yêu cầu (tối thiểu 95%) và tính đến thời điểm kiểm toán mới chỉ đạt tỷ lệ 18,76% (65.687 triệu đồng/350.000 triệu đồng) nếu không có giải pháp quyết liệt tháo gỡ vướng mắc GPMB, sẽ có nguy cơ dẫn tới khả năng không đạt theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.

(5) Công tác quản lý chất lượng công trình: Tại dự án Xây dựng trụ sở làm việc Tỉnh ủy, Đoàn đại biểu Quốc hội và Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa: (i) Hồ sơ hoàn công hạng mục Tiểu cảnh sàn mái (tầng 3) chưa phù hợp với Hồ sơ chất lượng của hạng mục (Nhật ký thi công) là chưa đảm bảo cơ sở để lập hồ sơ bảo trì công trình theo quy định tại khoản 7 Điều 34 Nghị định số 06/2021/NĐ-CP và khoản 1 Điều 38 Nghị định số 207/2026/NĐ-CP ngày 15/6/2026 của Chính phủ; (ii) Hồ sơ nghiệm thu các tiết diện Cáp điện mở và phụ kiện đấu nối của Hạng mục Năng lượng mặt trời còn sai khác so với bảng tính toán thiết kế, Hồ sơ thiết kế công tác lựa chọn đường dây, cáp điện.

(6) Công tác quản lý tiến độ: Công tác giải phóng mặt bằng còn chậm, chưa đáp ứng theo yêu cầu tiến độ thực hiện dự án được quy định tại Khoản 2 Điều 108 Luật Xây dựng 2014, dẫn đến một số dự án này phải điều chỉnh, gia hạn thời gian thực hiện dự án.

(7) Việc tuân thủ pháp luật về thực hành tiết kiệm, chống lãng phí: Một số dự án kiểm toán còn chậm tiến độ so với quyết định ban đầu, đã được gia hạn tiến độ nhưng chưa hoàn thành (Dự án Xây dựng mới thay thế 03 cầu: Thác Ngựa, Sông Giang, Sông Chò trên tuyến Tỉnh lộ 8B, huyện Khánh Vĩnh, tỉnh Khánh Hòa chậm 7,5 tháng; Dự án Đường Lê Duẩn - đoạn 3 (từ đường Nguyễn Lương Bằng đến đường Lê Lợi (đường C1)) chậm 07 tháng và được gia hạn 02 lần; Hệ thống cấp nước sinh hoạt các xã Cánh Bắc: Khánh Bình, Khánh Đông, Khánh Hiệp chậm 8 tháng); Dự án Thành phần 1: Dự án xây dựng Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh thuộc Dự án Đường giao thông liên vùng huyện Diên Khánh có tỷ lệ giải ngân KHV năm 2026 mới chỉ đạt 18,76% (65.687 triệu đồng/350.000 triệu đồng), nguyên nhân chủ yếu do ảnh hưởng từ công tác đền bù giải phóng mặt bằng chậm. Mặc dù các dự án này đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt điều chỉnh thời gian thực hiện dự án, tuy nhiên Chủ đầu tư cần có giải pháp giải phóng mặt bằng để kịp thời bàn giao cho việc thi công; tập trung các giải pháp để đẩy nhanh tiến độ thi công, hoàn thành dự án để đảm bảo mục tiêu đầu tư và hiệu quả sử dụng vốn ngân sách nhà nước, tránh lãng phí vốn đầu tư.

(8) Việc tuân thủ các quy định trong việc tạm ứng, thu hồi tạm ứng, giải ngân, thanh toán, xác định số dư tạm ứng quá hạn; công nợ, xác định nợ đọng XDCB: Dự án Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn (giai đoạn 2): Đến thời điểm kiểm toán còn nợ khối lượng hoàn thành chưa thanh toán số tiền 1.035,1 triệu đồng tại gói thầu số 18 (Thi công xây dựng - Phần khối lượng bổ sung).

(9) Đánh giá tính kinh tế, hiệu lực, hiệu quả

Dự án Xây dựng mới cầu D6 dự kiến hoàn thành bàn giao đưa vào sử dụng năm 2026 nhằm mục tiêu làm tiền đề cho việc đầu tư xây dựng hoàn thiện hệ thống hạ tầng kỹ thuật khu dân cư phía Bắc thị trấn Tô Hạp nhưng đến thời điểm kiểm toán (tháng 7/2026), địa phương mới bắt đầu triển khai các bước chuẩn bị đầu tư xây dựng tuyến đường theo quy hoạch đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt (đường Đinh Tiên Hoàng và đường N3) để kết nối với dự án Cầu D6 tại Công văn số 9042/UBND-KT ngày 15/7/2026 của UBND tỉnh Khánh Hòa, dẫn đến có nguy cơ giảm hiệu quả đầu tư sau khi Dự án Xây dựng mới cầu D6 bàn giao đưa vào sử dụng nếu chưa hoàn thành các đường kết nối với dự án.

II. Đối với Chuyên đề công tác thanh tra, kiểm tra thuế; miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế; hoàn thuế GTGT giai đoạn 2023-2025 của Thuế tỉnh Khánh Hòa

1. Công tác thanh tra, kiểm tra thuế

- Công tác lập kế hoạch kiểm tra tại trụ sở Cơ quan thuế (CQT): Tỷ lệ doanh nghiệp chọn kiểm tra chưa đảm bảo yêu cầu tối thiểu theo quy định của Tổng cục Thuế; giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở CQT chậm so với quy định của Tổng cục Thuế; chưa xây dựng kế hoạch kiểm tra đối với người nộp thuế thuộc trường hợp giám sát trọng điểm theo quy định.

- Công tác lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT: Đề xuất nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra chậm so với hướng dẫn của Cục Thuế (Văn phòng Thuế tỉnh); lập kế hoạch chưa lựa chọn NNT sắp xếp theo mức độ rủi ro, chưa ưu tiên các doanh nghiệp có rủi ro cao theo quy định; chuyển một số NNT tồn chưa kiểm tra năm trước vào kế hoạch năm 2023 chưa phù hợp với hướng dẫn của Tổng cục Thuế (Thuế cơ sở 4).

- Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế: Chưa lập danh sách người nộp thuế có rủi ro cao và thực hiện bước 2 theo tiết b điểm 1.3 Mục II Phần II Quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm theo Quyết định số 970/QĐ-TCT; không thực hiện báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt lưu hồ sơ giải trình, thông tin, tài liệu bổ sung cùng hồ sơ thuế đối với trường hợp giải trình lần 2 chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng.

- Hồ sơ thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT: Ghi chép nhật ký kiểm tra không đầy đủ; lập biên bản kiểm tra còn chậm theo quy định; lập chung biên bản xác nhận số liệu; biên bản chưa viện dẫn đầy đủ căn cứ pháp lý theo hướng dẫn; nhật ký kiểm tra thuế không ghi chi tiết kết quả đã kiểm tra các nội dung phân tích rủi ro; công bố quyết định kiểm tra chậm, chưa lưu trữ đầy đủ hồ sơ kiểm tra, chưa cập đầy đủ thông tin, kết quả kiểm tra vào ứng dụng hỗ trợ thanh tra, kiểm tra thuế; chỉ ban hành Thông báo ấn định, không ban hành Quyết định ấn định thuế theo Mẫu số 01/AĐT (Thuế cơ sở 2).

- Tiếp nhận giải quyết khiếu nại chậm, thời gian giải quyết khiếu nại vượt quy định tại Điều 28 Luật Khiếu nại 2011; chưa thực hiện công khai kết quả giải quyết khiếu nại theo quy định; chậm thực hiện cưỡng chế đối với NNT có số tiền phải nộp qua kiểm tra thuế.

- Kết quả giám sát và thu thập thông tin do cơ quan thuế cung cấp, KTNN phát hiện 05 doanh nghiệp (Công ty TNHH Phú Gia Khang PT, MST 4500665169 (Văn phòng Thuế tỉnh); Công ty TNHH Tư vấn, thương mại và xây dựng MC2, MST  4202023198 (Thuế cơ sở 4); Công ty TNHH Nguyễn Nhật Nguyên HF VN Trade, MST: 4500680086; Công ty TNHH Nguyễn Tấn Sang VN, MST 4500673949; Công ty TNHH Sáu Chương, MST 4500673674 (Thuế cơ sở 6)) có dấu hiệu rủi ro thực hiện hành vi vi phạm pháp luật về thuế như: doanh thu lớn, phát sinh thuế thấp hoặc bán hàng không lập hóa đơn, không kê khai thuế, nộp hồ sơ thuế; giao dịch mua bán với các doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh; BCTC không thể hiện có TSCĐ, hàng tồn kho; dòng tiền giao dịch bất thường với số hàng chục nghìn lượt, tổng số tiền hàng trăm tỷ đồng trong thời gian ngắn (theo xác nhận sao kê của các ngân hàng nơi doanh nghiệp mở tài khoản giao dịch)...

2. Công tác miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế

- Văn phòng Thuế tỉnh ban hành quyết định giảm tiền thuê đất chậm theo quy định tại các Quyết định số 01/2023/QĐ-TTg ngày 31/01/2023, Quyết định số 25/2023/QĐ-TTg ngày 03/10/2023, Nghị định số 87/2025/NĐ-CP ngày 11/04/2025, Nghị định số 230/2025/NĐ-CP ngày 19/08/2025 đối với 404 hồ sơ.

- Văn phòng Thuế tỉnh kê khai giảm thuế GTGT 24,9 triệu đồng đối với hàng hóa dịch vụ thuộc danh mục không được giảm thuế GTGT theo quy định.

3. Công tác hoàn thuế GTGT

- Văn phòng Thuế tỉnh, Thuế cơ sở 4 chậm giải quyết hoàn thuế theo quy định tại Điều 75 Luật Quản lý thuế 2019.

- Còn một số hồ sơ hoàn thuế có phát sinh hóa đơn đầu vào của các doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ kinh doanh chưa được kiểm tra, rà soát theo quy định.

- Có 02 hồ sơ hoàn thuế GTGT kê khai thuế GTGT đầu vào chưa được giảm thuế suất từ 10% xuống 8% theo các Nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ.

4. Về cơ chế, chính sách, văn bản quản lý

Phương án phân công cơ quan thuế quản lý trực tiếp trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa đang thực hiện theo các văn bản cũ (văn bản số 5298/CT-KKKTT ngày 29/9/2017 của Cục thuế tỉnh Khánh Hòa (đối với địa bàn thuộc tỉnh Khánh Hòa cũ) và Quyết định số 1158/QĐ-CT ngày 28/10/2021 của Cục thuế tỉnh Ninh Thuận (đối với địa bàn thuộc tỉnh Ninh Thuận cũ)) nên có những nội dung không còn phù hợp quy định tại Quyết định số 1376/QĐ-CT ngày 30/6/2025 và Quyết định số 1378/QĐ-CT ngày 30/6/2025 của Cục Thuế ((về tên cơ quan thuế quản lý vẫn đang để tên cũ (Cục thuế, Chi cục thuế) thay vì tên mới (Thuế tỉnh, Thuế cơ sở); giữa hai phương án có nguyên tắc và tiêu thức phân công quản lý doanh nghiệp ngoài quốc doanh khác biệt (Thuế cơ sở thuộc địa bàn tỉnh Khánh Hòa cũ quản lý doanh nghiệp có quy mô kinh doanh với vốn điều lệ dưới 30.000 triệu đồng, trong khi Thuế cơ sở thuộc địa bàn tỉnh Ninh Thuận cũ quản lý doanh nghiệp có quy mô kinh doanh với vốn điều lệ dưới 10.000 triệu đồng)), chưa thực hiện phân công cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo quy định tại Điều 2 Quyết định số 938/QĐ-CT ngày 30/6/2026 của Cục Thuế về ban hành quy định phân công quản lý người nộp thuế, khoản thu đối với cơ quan thuế các cấp thuộc Cục Thuế.

B. Kiến nghị kiểm toán

Qua kết quả kiểm toán, Kiểm toán nhà nước đã kiến nghị xử lý tài chính 6.811,7 triệu đồng (Thu hồi nộp NSNN những khoản chi sai quy định 1.175,7 triệu đồng; thu hồi kinh phí thừa 2.641,3 triệu đồng; giảm giá trị nghiệm thu, thanh toán các công trình, dự án XDCB 2.994,7 triệu đồng); và kiến nghị khác 751,7 triệu đồng. Đồng thời, kiến nghị:

(1) Uỷ ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa

- Tổ chức đánh giá nguyên nhân, rút kinh nghiệm và tăng cường các giải pháp chỉ đạo, phân bổ, điều hòa vốn nhằm bảo đảm tỷ lệ giải ngân vốn đầu tư công đạt mục tiêu Quốc hội giao tại Nghị quyết số ²⁹/2021/QH15 trong các kỳ kế hoạch tiếp theo.

- Chỉ đạo Sở Tài chính tham mưu bố trí vốn theo đúng quy định pháp luật thanh toán khối lượng hoàn thành (Dự án Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn (giai đoạn 2)).

- Chỉ đạo đẩy nhanh giải ngân dứt điểm số vốn chuyển tiếp sang năm 2026  số tiền 1.656.800 triệu đồng.

- Chỉ đạo rà soát kịp thời đối với 53 dự án dừng triển khai của địa phương sau sắp xếp đảm bảo tránh phát sinh thất thoát, lãng phí trong đầu tư, xây dựng.

- Chỉ đạo các đơn vị phối hợp thực hiện lập Báo cáo quyết toán dự án hoàn thành (Trường Cao đẳng Nghề Ninh Thuận - Dự án Trường Trung cấp Nghề Ninh Thuận; Ban chỉ huy Bộ đội Biên phòng - Dự án Xây dựng mới kho vũ khí, đạn tỉnh và nâng cấp cải tạo doanh trại đại đội 19); cơ quan thẩm tra đẩy nhanh tiến độ phê duyệt quyết toán đối với 03 dự án đã nộp theo Nghị định số 254/2025/NĐ-CP ngày 26/9/2025 của Chính Phủ.

- Chỉ đạo chấn chỉnh rút kinh nghiệm đối với tập thể và cá nhân có liên quan trong việc đăng ký nhu cầu vốn, phân bổ vốn chưa đủ cho các dự án hoàn thành trong năm 2025 theo thời gian thực hiện dự án tại quyết định phê duyệt dự án đầu tư.

- Chỉ đạo chấn chỉnh rút kinh nghiệm cá nhân có liên quan trong việc: thẩm định và phê duyệt dự toán còn tính trùng, tính thừa khối lượng so với bản vẽ thiết kế; thẩm định chủ trương đầu dự án chưa phù hợp Quy hoạch chung đô thị huyện Diên Khánh đến năm 2030; trình thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi khi chưa trình cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường; công tác tổ chức lựa chọn nhà thầu và ký kết hợp đồng còn có bảo lãnh thực hiện hợp đồng, gia hạn bảo lãnh thực hiện hợp đồng chưa phù hợp quy định.

- Chấn chỉnh, rút kinh nghiệm đối với các tồn tại, hạn chế trong việc: Phê duyệt điều chỉnh thời gian thực hiện dự án chậm; chưa xin ý kiến Bộ Giao thông và Vận tải (trước sáp nhập) về quy hoạch hướng tuyến đường sắt tốc độ cao.

- Chỉ đạo chủ đầu tư, đơn vị tổ chức thực hiện nhiệm vụ bồi thường, hỗ trợ, tái định cư có các giải pháp để giải phóng mặt bằng, kịp thời bàn giao cho việc thi công; có giải pháp đảm bảo nguồn đất đắp theo nhu cầu và tiến độ của dự án; tập trung các biện pháp để đẩy nhanh tiến độ thi công, hoàn thành dự án đảm bảo mục tiêu đầu tư dự án và hiệu quả sử dụng vốn ngân sách nhà nước, tránh lãng phí vốn đầu tư; phối hợp với các đơn vị chức năng có liên quan xin ý kiến của Bộ Xây dựng về phương án giao cắt với hướng tuyến đường sắt tốc độ cao đảm bảo theo quy định của pháp luật.

- Chỉ đạo sở Tài chính và các cơ quan liên quan rà soát, sửa đổi Điều 2 Quyết định số 2475/QĐ-UBND ngày 13/12/2025 để xác định cụ thể thời hạn ủy quyền cho Giám đốc Sở Tài chính theo đúng quy định tại điểm a khoản 2 Điều 14 Luật Tổ chức chính quyền địa phương năm 2025.

(2) Đối với Sở Tài chính

- Chấn chỉnh, rút kinh nghiệm trong công tác tổng hợp, lập báo cáo quyết toán chi ngân sách các năm tiếp theo bảo đảm đúng mẫu biểu quy định.

- Thực hiện nộp trả Ngân sách Trung ương số tiền 2.641 triệu đồng kinh phí đã hết thời gian thực hiện, giải ngân và hết nhiệm vụ chi theo đúng quy định.

(3) Đối với Thuế tỉnh Khánh Hòa và các Thuế cơ sở

- Chấn chỉnh, rút kinh nghiệm đối với các hạn chế, sai sót trong công tác thanh tra, kiểm tra thuế; công tác miễn, giảm thuế, giảm tiền thuê đất và hoàn thuế GTGT theo kết quả kiểm toán.

- Thực hiện kiểm tra, rà soát, xử lý theo quy định: Các trường hợp NNT kê khai giảm thuế GTGT đối với hàng hóa dịch vụ thuộc danh mục không được giảm thuế GTGT; các trường hợp hoàn thuế có phát sinh hóa đơn đầu vào của các doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ kinh doanh chưa được kiểm tra, rà soát; Các trường hợp hoàn thuế GTGT kê khai thuế GTGT đầu vào chưa được giảm theo các nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ.

- Thuế tỉnh Khánh Hòa chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan rà soát và ban hành văn bản mới về phân cấp quản lý người nộp thuế để thay thế các quy định cũ không còn phù hợp và tương thích với mô hình tổ chức chính quyền hai cấp hiện nay.

(4) Đối với các Chủ đầu tư, Ban quản lý dự án và các đơn vị liên quan

- Chấn chỉnh, rút kinh nghiệm đối với các sai sót, tồn tại trong công tác quản lý dự án.

- UBND xã Khánh Sơn: (i) Phối hợp các Sở, nghành có liên quan khẩn trương triển khai tuyến đường kết nối với Dự án Xây dựng mới cầu D6 (Ngã ba Kim Đồng - Lạc Long Quân) theo Công văn số 9042/UBND-KT ngày 15/7/2026 của UBND tỉnh Khánh Hòa đảm bảo đồng bộ kết nối dự án, tránh lãng phí vốn đầu tư; (ii) Tập trung các giải pháp để đẩy nhanh tiến độ thi công, hoàn thành các dự án để đảm bảo mục tiêu đầu tư và hiệu quả sử dụng vốn ngân sách nhà nước, tránh lãng phí vốn đầu tư.

- UBND xã Diên Lạc: Đề nghị đơn vị thi công dự án Đường D1 (từ Tỉnh lộ 2 - Quốc lộ 27C) thực hiện gia hạn bảo lãnh thực hiện hợp đồng theo đúng quy định.

- Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình Nông nghiệp và Giao thông tỉnh Khánh Hòa: (i) Phối hợp với các đơn vị liên quan quản lý chặt chẽ việc xác định khối lượng và nghiệm thu thanh toán theo thực tế thi công đối với khối lượng cọc khoan nhồi của các mố trụ cầu, chiều cao đắp đất phòng lún, đắp gia tải phòng lún; (ii) Đối với các dự án chậm tiến độ so với quyết định phê duyệt ban đầu: Chủ đầu tư cần tập trung các giải pháp để đẩy nhanh tiến độ thi công, hoàn thành dự án để đảm bảo mục tiêu đầu tư và hiệu quả sử dụng vốn ngân sách nhà nước.

- Ban QLDA phát triển tỉnh Khánh Hoà phối hợp với các đơn vị liên quan, thực hiện một số nội dung sau: (i) Điều chỉnh bản vẽ hoàn công hạng mục Tiểu cảnh sàn mái (tầng 3) theo đúng thực tế thi công làm cơ sở lập Hồ sơ bảo trì công trình; (ii) Kiểm tra, rà soát chất lượng, quy cách các vật liệu Cáp điện và Phụ kiện đấu nối của Hạng mục Năng lượng mặt trời theo đúng thực tế thi công đảm bảo an toàn điện trong quá trình vận hành hệ thống Năng lượng mặt trời; (iii) Kiểm tra, rà soát và xác định khối lượng đào đất bể nước ngầm đất cấp 2 (ngoại trừ khối lượng đắp hoàn trả bể nước ngầm) có đảm bảo chất lượng tận dụng đắp san nền để làm cơ sở nghiệm thu, thanh toán vận chuyển đổ đi.