Ngày 01/10/2008, Tổng Kiểm toán Nhà nước đã ra Chỉ thị số 1238/CT-KTNN về việc tăng cường quản lý hoạt động kiểm toán. Chỉ thị nêu rõ: Trong thời gian qua, hoạt động kiểm toán của KTNN có nhiều tiến bộ, nhiều Đoàn kiểm toán đạt chất lượng cao; một số đơn vị tuy đã được Kiểm toán độc lập kiểm toán nhưng KTNN vẫn có nhiều phát hiện, kiến nghị mới về hạn chế, thiếu sót, thậm chí là sai phạm trong quản lý tài chính, tài sản của Nhà nước
Một số tập thể, cá nhân đã thể hiện tinh thần trách nhiệm cao trong hoạt động kiểm toán, chấp hành tốt các Quy trình, Chuẩn mực kiểm toán, Quy chế tổ chức và hoạt động của Đoàn Kiểm toán nhà nước, Quy tắc ứng xử của KTV nhà nước. Chất lượng nội dung kiểm toán, bằng chứng kiểm toán, ghi chép hồ sơ kiểm toán, thời gian kiểm toán và phát hành báo cáo kiểm toán có tiến bộ; chế độ thông tin, báo cáo sơ bộ kết quả kiểm toán và các khó khăn trong quá trình kiểm toán kịp thời hơn so với trước đây. Tuy nhiên, vẫn còn nhiều hạn chế, bất cập trong quản lý và thực hiện nhiệm vụ kiểm toán gây ảnh hưởng không nhỏ tới chất lượng kiểm toán.
Nhằm tăng cường công tác quản lý và nâng cao chất lượng hoạt động kiểm toán, khắc phục ngay những tồn tại, Tổng KTNN chỉ thị cho thủ trưởng các đơn vị trực thuộc KTNN; Kiểm toán trưởng các KTNN chuyên ngành, các KTNN khu vực; Trưởng Đoàn, Phó trưởng Đoàn kiểm toán và toàn thể cán bộ, công chức trong toàn ngành quán triệt và thực hiện ngay một số nội dung: Tăng cường giáo dục chính trị tư tưởng, nâng cao ý thức, tinh thần trách nhiệm, khơi dậy lòng tự hào, tự trọng nghề nghiệp của toàn thể cán bộ, công chức và KTV trong việc thực hiện các quy định của KTNN trong hoạt động kiểm toán và các quy định của đơn vị được kiểm toán. Kịp thời phát hiện, biểu dương, khen thưởng để khích lệ các tập thể, cá nhân điển hình chấp hành tốt các quy định nghề nghiệp và có nhiều đóng góp trong hoạt động kiểm toán. Tiếp tục quán triệt và tổ chức thực hiện nghiêm Luật KTNN và các văn bản hướng dẫn thi hành, Quy chế tổ chức và hoạt động của Đoàn kiểm toán nhà nước, Quy tắc ứng xử của KTV nhà nước, các quy trình, chuẩn mực và phương pháp chuyên môn nghiệp vụ kiểm toán; chú trọng thực hiện các quy định về hồ sơ, mẫu biểu kiểm toán, việc ghi chép nhật ký kiểm toán và lưu giữ bằng chứng kiểm toán, ghi chép đầy đủ trong hồ sơ kiểm toán về những ý kiến khác nhau giữa KTV và Tổ trưởng Tổ kiểm toán, giữa Tổ trưởng Tổ kiểm toán và Trưởng Đoàn kiểm toán, giữa Trưởng Đoàn kiểm toán với Kiểm toán trưởng gắn với tăng cường trách nhiệm của mỗi chức danh. Chấn chỉnh, tăng cường hoạt động tự kiểm tra, kiểm soát của các cấp trong nội bộ đơn vị. Kiểm toán trưởng các KTNN chuyên ngành và khu vực, Trưởng các Đoàn kiểm toán phải gương mẫu trong thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, sâu sát với hoạt động kiểm toán, thực hiện ngay các biện pháp kiểm soát nóng trong quá trình các Đoàn kiểm toán đang triển khai hoạt động kiểm toán. Các Vụ chức năng đẩy mạnh và tăng cường hiệu lực hoạt động thanh tra, kiểm tra kiểm soát chất lượng kiểm toán. Lãnh đạo KTNN sẽ kiểm tra đột xuất, cần thiết có thể tổ chức đoàn kiểm tra liên ngành kiểm tra hoạt động kiểm toán. Kết luận thanh tra, kiểm tra phải nêu rõ các trường hợp, biện pháp xử lý đối với từng tập thể, cá nhân vi phạm. Xử lý nghiêm đối với các Trưởng Đoàn, Tổ trưởng Tổ kiểm toán, KTV và các thành viên khác của Tổ kiểm toán vi phạm các quy định của pháp luật và của KTNN trong hoạt động kiểm toán, gắn với thi đua, khen thưởng, kỷ luật hàng năm một cách chặt chẽ, công khai, v.v...
Thủ trưởng các đơn vị trực thuộc KTNN chịu trách nhiệm phổ biến, quán triệt đến từng cán bộ, công chức đặc biệt là các KTV, thành viên khác của Đoàn kiểm toán thuộc đơn vị; tổ chức thực hiện và kịp thời báo cáo Tổng KTNN những vướng mắc, phát sinh trong quá trình thực hiện các quy định về hoạt động kiểm toán của KTNN./.