Năm 2006, KTNN khu vực V thực hiện Kiểm toán Báo cáo tài chính của Khu Quản lý đường bộ VII thuộc Cục Đường bộ Việt Nam và Kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách Nhà nước năm 2005 của 4 tỉnh: Bạc Liêu, Sóc Trăng, Hậu Giang và Cà Mau.
Nhằm tạo thế chủ động và thuận lợi, công tác chuẩn bị kiểm toán được KTNN khu vực V thực hiện ngay từ đầu năm các khâu khảo sát, lập kế hoạch để triển khai thực hiện kiểm toán theo mục tiêu hướng dẫn của Tổng kiểm toán Nhà nước. Các cuộc kiểm toán do đơn vị thực hiện đều diễn ra theo đúng tiến độ về thời gian theo quy định: Đơn vị thực hiện kiểm toán đầu tiên là tỉnh Bạc Liêu, đơn vị thực hiện kiểm toán cuối cùng là tỉnh Cà Mau kết thúc kiểm toán tại đơn vị vào ngày 30/11/2006.
Năm 2006, Kiểm toán Nhà nước Khu vực V đã thực hiện 5 cuộc kiểm toán, đây là số lượng cao nhất từ trước tới nay. Số lượng kiểm toán viên trong một cuộc kiểm toán là 16 người, giảm 5 người so với các cuộc kiểm toán năm 2005. Thời gian kiểm toán tại đơn vị giảm nhưng chất lượng các cuộc kiểm toán đã đạt được kết quả khá tốt, đặc biệt là chất lượng báo cáo kiểm toán được nâng lên đáng kể. Kết quả kiểm toán đã tăng thu, tiết kiệm chi và đưa vào quản lý qua NSNN với số tiền gần 1.400 tỷ đồng. Qua hoạt động kiểm toán đã giúp các địa phương, các doanh nghiệp chấn chỉnh công tác quản lý, sửa chữa những sai sót, vi phạm trong lĩnh vực tài chính kế toán./.