Căn cứ Luật KTNN và ý kiến của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội, ngày 07/02/2006, Tổng Kiểm toán Nhà nước đã ký Quyết định số 21/QĐ-KTNN về Kế hoạch kiểm toán năm 2006 của KTNN. Theo đó, năm 2006, KTNN sẽ tiến hành kiểm toán hơn 100 đầu mối thuộc các lĩnh vực ngân sách nhà nước, doanh nghiệp nhà nước, đầu tư - dự án và chương trình đặc biệt…
Cụ thể sẽ kiểm toán Báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước năm 2005 của Bộ Tài chính và Bộ Kế hoạch và Đầu tư; kiểm toán ngân sách nhà nước, tiền và tài sản nhà nước năm ngân sách 2005 của 10 Bộ, cơ quan Trung ương và 32 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; 13 dự án, công trình trọng điểm; kiểm toán báo cáo tài chính năm 2005 của 21 doanh nghiệp nhà nước và các tổ chức tài chính - ngân hàng nhà nước; kiểm toán 22 đầu mối tại các đơn vị thuộc Bộ Công an, Bộ Quốc phòng và khối các cơ quan Đảng. Ngoài ra còn trình ý kiến của KTNN để Quốc hội xem xét, quyết định dự toán ngân sách nhà nước và quyết định phân bổ ngân sách Trung ương năm 2007.
Ngoài việc tăng đầu mối kiểm toán đối với báo cáo quyết toán NSNN các tỉnh và thành phố trực thuộc Trung ương, năm 2006 sẽ tiến hành kiểm toán việc quản lý và sử dụng chi khoa học công nghệ và kiểm toán một số dự án công trình trọng điểm, như: Dự án trồng mới 5 triệu ha rừng; Dự án đầu tư xây dựng Trung tâm Hội nghị Quốc gia, Dự án giao thông nông thôn…