(sav.gov.vn) - Thực hiện Kế hoạch kiểm toán năm 2026, Kiểm toán nhà nước khu vực IV đã tiến hành kiểm toán chuyên đề công tác thanh tra, kiểm tra thuế; miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế; hoàn thuế GTGT giai đoạn 2023-2025 của Thuế Thành phố Hồ Chí Minh.

Trên cơ sở Báo cáo kiểm toán đã phát hành, KTNN công khai một số nội dung, phát hiện và kiến nghị trọng yếu của cuộc kiểm toán như sau:

I. Đánh giá chung

Giai đoạn 2023-2025, công tác quản lý thuế trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh được thực hiện trong bối cảnh số lượng người nộp thuế lớn, hoạt động sản xuất, kinh doanh đa dạng và có sự thay đổi lớn về tổ chức bộ máy, đặc biệt từ ngày 01/7/2025 khi thực hiện hợp nhất Cơ quan thuế Thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương và Bà Rịa - Vũng Tàu. Công tác thanh tra, kiểm tra thuế được tăng cường, kết quả thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế năm 2025 có tổng số kiến nghị xử lý 37.983 tỷ đồng, gồm: truy thu, thu hồi hoàn, phạt và tiền chậm nộp 10.628 tỷ đồng; giảm lỗ 26.452 tỷ đồng; giảm khấu trừ 903 tỷ đồng. Trong giai đoạn 2023-2025, theo báo cáo cơ quan thuế, phát sinh 11.298 hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế, tiền thuê đất với tổng số tiền 4.195,5 tỷ đồng, đã xử lý 9.078 hồ sơ với tổng số tiền 4.043,9 tỷ đồng; giải quyết 16.601 hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), số thuế được hoàn 126.305,9 tỷ đồng (theo số liệu TMS tại Văn phòng cơ quan Thuế, không bao gồm các Thuế cơ sở).

II. Những hạn chế, tồn tại

1. Công tác thanh tra, kiểm tra thuế

(1) Ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch, chuyên đề thanh tra, kiểm tra thuế hằng năm chậm so với thời hạn quy định; giao một số nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra khi thời gian còn lại không đủ để tổ chức thực hiện; lựa chọn người nộp thuế thuộc nhóm rủi ro trung bình, rủi ro thấp đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra với tỷ lệ vượt 10% tổng số người nộp thuế được lựa chọn, trong khi còn người nộp thuế thuộc nhóm rủi ro cao chưa được đưa vào kế hoạch; có 2.320 người nộp thuế trên 05 năm chưa được thanh tra, kiểm tra thuế.

(2) Thực hiện kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế còn chậm, tồn đọng kéo dài, chưa bảo đảm tiến độ và yêu cầu ưu tiên xử lý các cuộc thuộc kế hoạch các năm trước, cụ thể: đến hết tháng 9/2025, sau khi hợp nhất số liệu của 03 Thuế địa phương, Thuế Thành phố Hồ Chí Minh còn 1.357 cuộc thuộc kế hoạch giai đoạn 2019-2023 chưa hoàn thành.

(3) Năm 2024, ngoài các chuyên đề do cơ quan thuế cấp trên giao, Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh xây dựng 06 chuyên đề thanh tra, kiểm tra đối với 1.074 người nộp thuế; hồ sơ, tài liệu do đơn vị cung cấp chưa thể hiện việc sử dụng kết quả phân tích rủi ro trên ứng dụng TPR làm căn cứ lựa chọn người nộp thuế để thực hiện các chuyên đề; kết quả triển khai thực hiện 05/06 chuyên đề còn thấp, đến thời điểm báo cáo mới triển khai 299/998 người nộp thuế, đạt 30% kế hoạch. Năm 2025, đối với 15 chuyên đề kiểm tra 97 doanh nghiệp do Cục Thuế giao, Thuế Thành phố Hồ Chí Minh mới triển khai 39/97 doanh nghiệp, hoàn thành 28/97 doanh nghiệp, còn 03/15 chuyên đề chưa triển khai.

(4) Một số cuộc thanh tra, kiểm tra kéo dài quá thời hạn quy định; việc thực hiện quy trình thanh tra, kiểm tra và xác định nghĩa vụ thuế tại một số hồ sơ qua chọn mẫu còn sai sót, kết quả thanh tra, kiểm tra chưa phát hiện người nộp thuế còn dấu hiệu rủi ro về thuế, cụ thể: (i) chưa thực hiện rà soát mức lãi suất cho vay bên liên kết, khoản chi phí mua tài sản cố định vô hình từ bên liên kết có đảm bảo phù hợp nguyên tắc xác định giá giao dịch liên kết; (ii) lựa chọn đối tượng so sánh độc lập chưa đảm bảo tính tương đồng; (iii) đối với quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, việc xử lý đối với các hóa đơn chưa có kết quả xác minh chưa được thực hiện thống nhất, có trường hợp cơ quan thuế thống nhất cho hoàn thuế trên cơ sở người nộp thuế cam kết việc sử dụng hóa đơn đúng quy định, có trường hợp cơ quan thuế không thống nhất cho hoàn đối với số thuế đầu vào liên quan đến các hóa đơn rủi ro chưa có kết quả xác minh (nguyên nhân do Quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 679/QĐ-TCT ngày 31/5/2023 và Quyết định số 2201/QĐ-TCT ngày 31/12/2024 của Tổng cục Thuế chưa có hướng dẫn cụ thể các Đoàn kiểm tra phải kiểm tra hóa đơn đầu vào và hướng xử lý của các hoá đơn bất hợp pháp theo kết luận của cơ quan chức năng hoặc hoá đơn có cảnh báo rủi ro của các cơ quan có thẩm quyền).

(5) Qua hồ sơ kê khai thuế của một số doanh nghiệp có rủi ro liên quan đến sự biến động bất thường doanh thu, tình trạng hoạt động do cơ quan thuế cung cấp, còn trường hợp người nộp thuế có dấu hiệu hành vi trốn thuế, mua bán hóa đơn, chứng từ. KTNN đã có công văn chuyển thông tin các vụ việc sang cơ quan điều tra để xử lý theo quy định pháp luật.

2. Công tác miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế

(1) Không lập dự toán số giảm thu do ảnh hưởng của các chính sách đối với tiền thuê đất và tiền sử dụng đất; việc theo dõi, cập nhật số liệu hồ sơ miễn, giảm thuế trên phần mềm TMS không kịp thời, đầy đủ; chưa trích xuất, báo cáo được đầy đủ số liệu người nộp thuế kê khai miễn, giảm thuế và gia hạn thuế, tiền thuê đất trong thời kỳ được kiểm toán.

(2) Qua chọn mẫu rà soát tờ khai miễn, giảm thuế, còn trường hợp: người nộp thuế kê khai giảm thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ không thuộc đối tượng được giảm hoặc không thuộc giai đoạn được giảm; kê khai ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) chưa đúng điều kiện, đối tượng, thu nhập được hưởng ưu đãi và thuế suất; không thuộc đối tượng được gia hạn thời hạn nộp thuế GTGT, thuế TNDN; hết thời gian gia hạn nhưng chưa nộp thuế đúng thời hạn.

(3) Việc xử lý các trường hợp thuộc diện được miễn tiền thuê đất theo pháp luật đất đai trước ngày 01/8/2024 vẫn còn chậm, chưa được xử lý dứt điểm do UBND Thành phố Hồ Chí Minh chưa ban hành quy định về trình tự, thủ tục xử lý và trách nhiệm, thẩm quyền của các cơ quan có liên quan.

(4) Một số cơ sở đào tạo lái xe kê khai doanh thu dịch vụ đào tạo lái xe thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, chưa phù hợp với quy định tại khoản 13 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 48/2025/QH15. Tình trạng trên phát sinh do sự thay đổi của pháp luật chuyên ngành về đào tạo lái xe, trong khi pháp luật thuế GTGT quy định đối tượng không chịu thuế đối với hoạt động dạy học, dạy nghề không thay đổi (theo quy định tại khoản 13 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, đối tượng không chịu thuế GTGT được quy định là “Hoạt động dạy học, dạy nghề theo quy định của pháp luật về giáo dục, giáo dục nghề nghiệp”. Tuy nhiên, từ ngày 01/01/2025, Nghị định số 160/2024/NĐ-CP có hiệu lực, quy định hoạt động đào tạo, sát hạch lái xe theo pháp luật về trật tự, an toàn giao thông đường bộ, không thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật Giáo dục, Luật Giáo dục nghề nghiệp). Về vấn đề này, Phó Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Văn Thắng đã giao Bộ xây dựng chủ trì, phối hợp với Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Tư pháp, Bộ Tài chính và các cơ quan liên quan rà soát, sửa đổi bổ sung pháp luật chuyên ngành, bảo đảm tính đồng bộ hệ thống pháp luật, phù hợp, hiệu quả, khả thi, giải quyết vướng mắc phát sinh thực tiễn đối với hoạt động đào tạo lái xe.

(5) Về kê khai miễn, giảm thuế TNDN đối với dự án điện năng lượng mặt trời mái nhà: để đáp ứng điều kiện được phép đầu tư, các dự án điện năng lượng mặt trời mái nhà phải đáp ứng quy định về ngành nghề kinh doanh có điều kiện theo quy định tại Điều 7 và Phụ lục 4 Luật Đầu tư số 67/2014/QH13, đối với hoạt động điện lực thì phải có Giấy phép hoạt động điện lực, trừ các dự án quy định tại khoản 2 Điều 3 Thông tư số 21/2020/TT-BCT “Trường hợp miễn trừ giấy phép hoạt động điện lực: 2. Phát điện có công suất lắp đặt đến 01 MW để bán điện cho tổ chức, cá nhân khác”. Qua kiểm toán cho thấy một số dự án điện năng lượng mặt trời mái nhà có công suất Pin quang điện lắp đặt trên 01 MWp và công suất inverter 01 MW; một số dự án điện năng lượng mặt trời mái nhà có tổng công suất các dự án lớn hơn 01 MW và công suất Pin lớn hơn 1 MWp được lắp đặt tại cùng một địa chỉ khu đất, khu nhà xưởng, trang trại nhưng được chia nhỏ thành nhiều dự án công suất đến 01 MW và công suất Pin quang điện lớn hơn 01 MWp để được miễn Giấy phép hoạt động điện lực. Hiện các dự án của người nộp thuế đang kê khai miễn, giảm thuế TNDN theo chính sách ưu đãi đối với dự án năng lượng xanh. Để đảm bảo việc kê khai miễn, giảm thuế TNDN đúng quy định của pháp luật, các dự án trên cần cơ quan chức năng xác nhận dự án có thuộc trường hợp miễn Giấy phép hoạt động điện lực không.

3. Công tác hoàn thuế GTGT

(1) Việc tiếp nhận, phân loại và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT còn chậm;  chưa theo dõi đầy đủ hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau thuộc diện phải kiểm tra theo thời hạn và mức độ rủi ro; còn hồ sơ quá thời hạn 05 năm chưa được thanh tra, kiểm tra sau hoàn. Chọn mẫu kiểm tra một số hồ sơ hoàn thuế GTGT đã được giải quyết, còn trường hợp sử dụng hóa đơn mua vào của người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, ngừng hoạt động hoặc thuộc danh sách cảnh báo rủi ro cần rà soát, xử lý. Ngoài ra, việc xử lý đối với các hóa đơn chưa có kết quả xác minh chưa được thực hiện thống nhất.

(2) Còn trường hợp: (i) Hoàn toàn bộ số thuế GTGT đầu vào đối với khoản phí sử dụng hạ tầng trọn gói trả cho cả 03 giai đoạn ngay trong kỳ hoàn thuế thuộc Giai đoạn 1 mà chưa rà soát, xác định và phân định khoản chi phí tương ứng với từng giai đoạn đầu tư, nhất là phần chi phí gắn với Giai đoạn 2 và Giai đoạn 3 chưa triển khai, chưa bảo đảm đầy đủ cơ sở xác định toàn bộ số thuế GTGT đầu vào được hoàn là thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ “phát sinh trong giai đoạn đầu tư” theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP; tiềm ẩn việc hoàn trước số thuế GTGT đầu vào tương ứng với chi phí phục vụ các giai đoạn đầu tư chưa thực hiện theo tiến độ của Dự án; (ii) Hoàn thuế GTGT đầu vào liên quan đến chi phí xây dựng các hạng mục công trình phát sinh trong thời gian người nộp thuế thực hiện thi công công trình khi chưa được cấp giấy phép xây dựng. Tại điểm a khoản 2 Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư có công trình xây dựng phải có giấy phép xây dựng (trừ trường hợp được miễn), nhưng chưa quy định rõ việc có thực hiện hoàn thuế GTGT đầu vào đối với chi phí xây dựng phát sinh trước thời điểm được cấp giấy phép xây dựng. Đồng thời, hướng dẫn của ngành thuế về nội dung này chưa rõ ràng.

III. Kiến nghị

1. Đối với Thuế Thành phố Hồ Chí Minh

(1) Kiến nghị xử lý tài chính tổng số 11.744.380.862 đồng, trong đó tăng thu ngân sách nhà nước 11.638.461.120 đồng; thu hồi nộp ngân sách 105.919.742 đồng.

(2) Chấn chỉnh, rút kinh nghiệm trong công tác hướng dẫn, chỉ đạo, xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế, công tác giải quyết và quản lý hồ sơ hoàn thuế GTGT; Rà soát, xác định và xử lý theo quy định các trường hợp kê khai giảm thuế GTGT, miễn, giảm, ưu đãi thuế TNDN, gia hạn nộp thuế chưa đúng quy định, các trường hợp người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro về thuế, hóa đơn; Tổ chức kiểm tra và xử lý theo đúng quy định của pháp luật đối với các hồ sơ thanh tra, kiểm tra thuế còn sai sót trong việc rà soát, xử lý các giao dịch với các bên liên kết.

(3) Báo cáo, xin ý kiến cơ quan có thẩm quyền về điều kiện miễn giấy phép hoạt động điện lực đối với một số dự án điện mặt trời mái nhà làm cơ sở xác định ưu đãi thuế TNDN; báo cáo Cục Thuế hướng dẫn xử lý việc hoàn thuế GTGT đối với khoản phí sử dụng hạ tầng trả trọn gói cho cả 03 giai đoạn của dự án và việc kê khai, nộp thuế GTGT đối với hoạt động đào tạo lái xe.

(4) Rà soát, xác định rõ nguyên nhân các cuộc thanh tra, kiểm tra kéo dài trên 01 năm; đối với trường hợp chậm do nguyên nhân chủ quan, tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan.

2. Đối với Cục Thuế: Tổ chức rà soát, sửa đổi, bổ sung hoặc ban hành Quy trình hoàn thuế thay thế Quy trình ban hành kèm theo Quyết định số 679/QĐ-TCT ngày 31/5/2023, Quyết định số 2201/QĐ-TCT ngày 31/12/2024 của Tổng cục Thuế trong đó quy định cụ thể nội dung, trách nhiệm và phương thức rà soát, đối chiếu hóa đơn đầu vào với thông tin, danh sách cảnh báo rủi ro về hóa đơn trong quá trình kiểm tra, giải quyết hoàn thuế GTGT để thống nhất, đồng bộ khi triển khai thực hiện trong toàn quốc.

3. Đối với Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh: Khẩn trương quy định hoặc quyết định áp dụng trình tự, thủ tục xử lý đối với các trường hợp thuộc điểm b, điểm c khoản 5 Điều 51 Nghị định số 103/2024/NĐ-CP theo quy định tại khoản 21, khoản 22 Điều 13 Nghị định số 50/2026/NĐ-CP, làm cơ sở để các cơ quan chức năng thực hiện thống nhất việc luân chuyển hồ sơ, xác định nghĩa vụ tài chính và xử lý miễn tiền thuê đất theo quy định.