Để nâng cao chất lượng kiểm toán Báo cáo quyết toán ngân sách các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cần phải xây dựng kế hoạch kiểm toán phù hợp với điều kiện thực tiễn đáp ứng các mục tiêu, nội dung kiểm toán. Trong đó việc nghiên cứu, đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ là một vấn đề quan trọng nhằm xác định phương pháp, phạm vi, nội dung kiểm toán để nâng cao chất lượng và hiệu quả kiểm toán.