Không giống như khi kiểm toán các báo cáo tài chính, kiểm toán viên (KTV) có thể căn cứ vững chắc trên chuẩn mực kế toán và các văn bản qui phạm pháp luật về chế độ và kỷ luật tài chính để đưa ra kết luật và kiến nghị kiểm toán. Trong kiểm toán hoạt động, điều khó khăn chủ yếu là tìm ra được mhững tiêu chí cụ thể để đánh giá một hoạt động là có hiệu quả và hiệu lực hay không.

Trong xu thế phát triển và hội nhập của đất nước ngày càng mạnh mẽ, yêu cầu đổi mới quản lý kinh tế - xã hội đặt ra cho các cơ quan quản lý Nhà nước phải có những thay đổi nhằm thích ứng được nhiệm vụ trong từng giai đoạn cụ thể. Kiểm toán Nhà nước cũng không ngoại lệ trong quy luật đổi mới tất yếu này. Vì vậy, ngày 20 tháng 04 năm 2005, Luật Kiểm toán Nhà nước được thông qua tại Kỳ họp thứ 7, Quốc hội khoá IX (có hiệu lực thi hành từ 01/01/2006) đã đánh dấu một bước ngoặt quan trọng trong việc xác lập địa vị pháp lý và định hướng phát triển, thúc đẩy hoạt động kiểm toán Nhà nước lên một tầm cao mới.

Luật KTNN được Quốc hội khoá XI kỳ họp thứ 7 thụng qua ngày 14/6/2005 cú hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2006 đánh dấu một bước phát triển mới của KTNN trong điều kiện nước ta phát triển nền kinh tế thị trường theo định hướng XHCN có sự quản lý của Nhà nước, hội nhập khu vực và quốc tế; đồng thời phù hợp với đường lối và chủ trương của Đảng về xây dựng nhà nước pháp quyền ở nước ta hiện nay. Luật kiểm toán nhà nước ra đời thể hiện quyết tâm của Đảng, Nhà nước lập lại trật tự, kỷ cương trong việc quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước; kiên quyết đấu tranh chống tham nhũng, lãng phí.

Tham nhũng được coi là một nguy cơ, là quốc nạn. Quốc hội đang xem xét, thông qua luật phòng, chống tham nhũng. Hối lộ cũng là một nạn, xảy ra thường ngày ở khắp nơi. Hối lộ và tham nhũng tuy là 2 loại việc khác nhau nhưng có liên quan với nhau, chúng vừa là nguyên nhân, vừa là kết quả của nhau, nên cùng một lúc phải phòng, chống cả hai mới có thể đạt được kết quả.