Không giống như khi kiểm toán các báo cáo tài chính, kiểm toán viên (KTV) có thể căn cứ vững chắc trên chuẩn mực kế toán và các văn bản qui phạm pháp luật về chế độ và kỷ luật tài chính để đưa ra kết luật và kiến nghị kiểm toán. Trong kiểm toán hoạt động, điều khó khăn chủ yếu là tìm ra được mhững tiêu chí cụ thể để đánh giá một hoạt động là có hiệu quả và hiệu lực hay không.

Sự ra đời và hoạt động của KTNN xuất phát từ yêu cầu khách quan của việc kiểm tra, kiểm soát chi tiêu công quỹ Quốc gia, bản đảm sử dụng hợp lý, đúng mục đích, tiết kiệm và có hiệu quả các nguồn lực tài chính của các cơ quan công quyền. Trên thực tế, KTNN thường tiến hành các cuộc kiểm toán tuân thủ, xem xét việc chấp hành các chính sách, luật lệ và chế độ của Nhà nước tại các đơn vị sử dụng vốn và kinh phí của ngân sách Nhà nước. Đồng thời, KTNN còn thực hiện các cuộc kiểm toán hoạt động nhằm đánh giá và góp phần nâng cao tính kinh tế, tính hiệu lực và tính hiệu quả trong các tổ chức công quyền, các đơn vị có sử dụng vốn và kinh phí của ngân sách Nhà nước. Như vậy, KTNN được coi là công cụ kiểm tra tài chính công cấp cao nhất, bảo đảm tính kinh tế, tính hiệu lực và hiệu quả trong quá trình quản lý, sử dụng ngân sách Nhà nước và công quỹ Quốc gia; xác lập trật tự, kỷ cương trong quản lý kinh tế - tài chính, góp phần đấu tranh chống gian lận và tham nhũng.

Tham nhũng được coi là một nguy cơ, là quốc nạn. Quốc hội đang xem xét, thông qua luật phòng, chống tham nhũng. Hối lộ cũng là một nạn, xảy ra thường ngày ở khắp nơi. Hối lộ và tham nhũng tuy là 2 loại việc khác nhau nhưng có liên quan với nhau, chúng vừa là nguyên nhân, vừa là kết quả của nhau, nên cùng một lúc phải phòng, chống cả hai mới có thể đạt được kết quả.

Các nhiệm vụ khoa học và công nghệ (KH&CN) trước đây chủ yếu được thực hiện ở các đơn vị sự nghiệp khoa học như các viện nghiên cứu, các trường đại học và một số doanh nghiệp nhà nước. Từ khi Luật KH &CN (năm 2000) được ban hành có hiệu lực, các nhiệm vụ KH &CN được thực hiện ở mọi đối tượng thông qua tuyển chọn, các đơn vị tổ chức (các viện, trường, các doanh nghiệp, cá nhân ...) có đủ năng lực đều có thể tham  gia. Ngoài ra, đối với những doanh nghiệp tự đầu tư nghiên cứu thuộc lĩnh vực ưu tiên trọng điểm của nhà nước được xét tài trợ một phần kinh phí nghiên cứu. Do đó, trong chế độ kế toán doanh nghiệp vừa và nhỏ chưa được đề cập đến kế toán các nhiệm vụ KH &CN.