Kiểm toán hoạt động loại hình kiểm toán tuy còn khá mới mẻ nhưng được đánh giá có ý nghĩa quan trọng góp phần vào việc sử dụng hiệu quả các nguồn lực của đất nước. Chính vì vậy Chiến lược 6 trong Chiến lược phát triển KTNN giai đoạn 2013-2017 đã xác định rõ nội dung tăng cường giá trị và lợi ích trong việc đánh giá tính kinh tế, tính hiệu lực và hiệu quả trong quản lý và sử dụng ngân sách, tiền và tài sản công để đẩy mạnh loại hình kiểm toán hoạt động trong giai đoạn tới.
Chiến lược này được xây dựng dựa trên đánh giá tình hình thực tế những năm gần đây, KTNN bắt đầu chuyển đổi loại hình kiểm toán sang kiểm toán hoạt động, đẩy mạnh triển khai nghiên cứu, thực hiện thử nghiệm các nội dung kiểm toán hoạt động (lồng ghép trong các cuộc kiểm toán tài chính). Vì vậy, bước đầu đã có những phân tích, đánh giá có chất lượng, đáp ứng yêu cầu giám sát của Quốc hội, công tác quản lý, điều hành của Chính phủ. Tuy nhiên, do chưa có quy trình hướng dẫn cụ thể về kiểm toán hoạt động và vừa làm, vừa rút kinh nghiệm, nên chưa có điều kiện đánh giá, phân tích để giải đáp thích đáng nhiều vấn đề về tính kinh tế, hiệu lực, hiệu quả trong quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản công.
Để triển khai chiến lược này KTNN đang tập trung vào hoạt động xây dựng và hoàn thiện các hướng dẫn kiểm toán hoạt động bao gồm các chuẩn mực và hướng dẫn chuẩn mực kiểm toán hoạt động và sổ tay hướng dẫn kiểm toán hoạt động đảm bảo. Mục tiêu là nhằm đảm bảo các hướng dẫn này được ban hành kịp thời, đầy đủ, phù hợp của các chuẩn mực kiểm toán hoạt động so với thông lệ quốc tế, điều kiện thực tiễn của KTNN Việt Nam.
Do đây là loại hình kiểm toán khá mới mẻ tại VN nên việc nâng cao nhận thức về kiểm toán hoạt động là nội dung quan trọng mà chiến lược nhấn mạnh tới. Việc nâng cao nhận thức thực hiện thông qua hình thức phổ biến, tuyên truyền về kiểm toán hoạt động cho Kiểm toán viên, đơn vị được kiểm toán và công chúng về mục đích, ý nghĩa, tầm quan trọng, sự cần thiết và những vấn đề cơ bản về kiểm toán hoạt động.
Nhằm tăng cường năng lực kiểm toán hoạt động, chiến lược chú trọng tới hoạt động đào tạo, tập huấn về kiểm toán hoạt động, gồm: chuẩn mực kiểm toán, sổ tay hướng dẫn, mẫu biểu hồ sơ kiểm toán hoạt động…nhằm đảm bảo 100% kiểm toán viên được giao nhiệm vụ kiểm toán hoạt động được đào tạo, tập huấn về kiến thức và kỹ năng kiểm toán hoạt động. KTNN cũng sẽ tăng cường học tập, trao đổi kinh nghiệm với các cơ quan KTNN trên thế giới về kiểm toán hoạt động, qua khảo sát nước ngoài hoặc mời chuyên gia nước ngoài trợ giúp. Thành lập và phát triển tổ chức bộ máy kiểm toán hoạt động phù hợp, tạo điều kiện phát triển kiểm toán hoạt động.
Để tổ chức thực hiện các cuộc kiểm toán hoạt động, KTNN sẽ tiến hành thực hiện một số cuộc kiểm toán độc lập về kiểm toán hoạt động có sự trợ giúp của chuyên gia nước ngoài; Thực hiện các cuộc kiểm toán độc lập về kiểm toán hoạt động phù hợp với năng lực KTV và quy định của pháp luật, điều kiện kinh tế - xã hội của Việt Nam với mục tiêu đảm bảo số lượng các cuộc kiểm toán hoạt động chiếm từ 5-10% các cuộc kiểm toán hàng năm.