Trên cơ sở đề nghị của Kiểm toán Nhà nước, Thủ tướng Chính phủ đã giao nhiệm vụ năm 2005 cho Kiểm toán Nhà nước tiến hành kiểm toán 89 đầu mối thuộc các lĩnh vực ngân sách nhà nước, doanh nghiệp nhà nước, đầu tư - dự án và chương trình đặc biệt. Cụ thể sẽ kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách 30 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước 2004 của Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch - Đầu tư và báo cáo tài chính của 10 bộ, ngành khác; 6 dự án, công trình trọng điểm; 18 tổng công ty nhà nước và các tổ chức tài chính - ngân hàng nhà nước; kiểm toán 24 đầu mối tại các đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an và khối các cơ quan Đảng.
Ngoài việc tăng đầu mối kiểm toán đối với báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước các tỉnh và thành phố trực thuộc trung ương, năm 2005 sẽ tiến hành kiểm toán một số dự án công trình trọng điểm, như: Dự án Hầm đường bộ Hải Vân, Dự án quốc lộ 18, Chương trình Giáo dục và đào tạo, Chương trình kiên cố hoá trường lớp học. Kiểm toán lĩnh vực doanh nghiệp nhà nước và các tổ chức tài chính - ngân hàng đáng chú ý có Tổng công ty Xây dựng công trình giao thông 4, Tổng công ty đầu tư phát triển nhà Hà Nội, Tổng công ty Xây dựng Sài Gòn, Ngân hàng chính sách xã hội, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam. Lĩnh vực kiểm toán đặc biệt sẽ tiến hành kiểm toán báo cáo tài chính Công an các tỉnh Bình Dương, Đồng Nai, Bình Phước, Phú Yên, Tây Ninh, Bà Rịa - Vũng Tầu, Ninh Thuận, Bình Thuận; báo cáo tài chính tỉnh uỷ các tỉnh Thái Bình, Hà Nam, Nam Định, Hưng Yên, Hà Tây, thành phố Hải Phòng.
Nhiệm vụ kiểm toán năm 2005 tăng đáng kể, nếu tính theo đầu mối tăng thêm 35% so với năm 2004.