Chất lượng kiểm toán luôn là yếu tố quan trọng, có ý nghĩa quyết định trong việc khẳng định uy tín, hiệu lực, hiệu quả hoạt động KTNN. Để đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ, KTNN phải bảo đảm kết quả kiểm toán tin cậy và được kiểm soát chất lượng đầy đủ, thích hợp. Việc thực hiện kiểm soát chất lượng kiểm toán được thực hiện ở nhiều cấp độ khác nhau, từ bản thân mỗi tổ kiểm toán, đoàn kiểm toán, đến các Kiểm toán trưởng và Tổng Kiểm toán nhà nước (thông qua Vụ Chế độ và kiểm soát chất lượng kiểm toán)... Đặc biệt, việc hoàn thiện hoạt động kiểm soát chất lượng kiểm toán của Kiểm toán trưởng tại KTNN là thực sự cấp thiết có ý nghĩa cả về lý luận và thực tiễn nhằm bổ sung, hoàn thiện hoạt động kiểm soát chất lượng kiểm toán của Kiểm toán trưởng góp phần nâng cao chất lượng, hiệu lực, hiệu quả của hoạt động kiểm toán của KTNN.
Thực tế những năm qua, tiền sử dụng đất đã trở thành một nguồn thu quan trọng của NSNN, được điều tiết 100% cho ngân sách địa phương để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng phục vụ cho việc phát triển kinh tế - xã hội. Tuy nhiên, kết quả kiểm toán của KTNN cho thấy, tại nhiều địa phương, công tác quản lý, sử dụng đất vẫn còn tình trạng sai sót, lãng phí, thất thoát ngân sách, đặc biệt là trong vấn đề áp dụng các phương pháp xác định giá đất.
  Đất đai là một trong những tài sản công quan trọng nhất, đặc biệt nhất, hiếm có nước nào trên thế giới xác định đất đai là sở hữu của toàn dân, do Nhà nước là đại diện chủ sở hữu như nước ta. Bởi vậy có thể nói, tất cả những bài học hay kinh nghiệm liên quan đến kiểm toán, thanh tra, giám sát, quản lý và sử dụng đất đai từ nước ngoài sẽ rất khó áp dụng tại Việt Nam. Đã đến lúc, Việt Nam phải xây dựng các quy định liên quan đến vấn đề quản lý, sử dụng đất đai, trong đó có việc kiểm toán đối với lĩnh vực này.
Tại buổi tập huấn “Đề cương kiểm toán việc quản lý, sử dụng đất trong quá trình cổ phần hóa (CPH) và sau CPH của các DNNN giai đoạn 2011- 2017” vừa được KTNN tổ chức, ông Khương Tiến Hùng - Phó Kiểm toán trưởng KTNN chuyên ngành VI - đã chia sẻ một số vướng mắc và hướng giải quyết khi thực hiện kiểm toán những nội dung liên quan đến lĩnh vực đất đai của  DN CPH.
Môi trường và sự phát triển bền vững hiện nay không chỉ là vấn đề riêng của mỗi quốc gia mà đã trở thành vấn đề toàn cầu đang được thế giới đặc biệt quan tâm. Trước các vấn đề bức xúc về môi trường toàn cầu hiện nay, hàng loạt công cụ luật pháp, kinh tế đã được đưa ra nhằm quản lý tốt môi trường, buộc các tổ chức, nhà máy, cơ sở sản xuất phải chấp hành. Trong bối cảnh đó, kiểm toán môi trường ra đời và trở thành công cụ quản lý sắc bén và hiệu quả.
Những năm qua, các đơn vị trực thuộc KTNN như KTNN chuyên ngành II, III, VI… đã chủ trì thực hiện, phối hợp thực hiện thành công nhiều cuộc kiểm toán chuyên đề quy mô lớn theo mô hình Đoàn kiểm toán tập trung hoặc theo mô hình Đoàn kiểm toán lồng ghép. Thực tiễn cho thấy, mỗi mô hình đều có những ưu điểm, hạn chế nhất định.
Là vấn nạn chung của nhiều quốc gia trên thế giới, “chuyển giá” là hành vi xuất phát từ quyền tự do định đoạt trong kinh doanh và mối quan hệ gắn bó chung về lợi ích giữa nhóm liên kết để thực hiện chính sách chuyển giao sản phẩm (tài sản hữu hình, tài sản vô hình, dịch vụ; vay, mượn vật tư, tiền vốn) giữa các thành viên của cùng một tập đoàn kinh tế, công ty đa quốc gia không theo giá giao dịch thông thường trên thị trường, nhằm tối thiểu hoá nghĩa vụ tính thuế, nhằm tối đa hoá lợi nhuận trong tập đoàn dựa vào chính sách ưu đãi thuế hoặc sự khác biệt về thuế suất giữa các vùng, miền hay quốc gia.
 
Khoảng 60 hoạt động thương mại toàn cầu là giao dịch có khả năng chuyển giá. Hiện tượng chuyển giá diễn biến ngày càng đa dạng và phức tạp, do cả doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (DN FDI) và DN trong nước thực hiện. Vì vậy, để chống chuyển giá cần có nhận thức đầy đủ và những biện pháp đồng bộ, quyết liệt của các ban ngành từ Trung ương đến địa phương để bảo đảm thu NSNN và sự cạnh tranh thị trường lành mạnh…
Trong những năm qua, cùng với việc nâng cao năng lực, hiệu quả và chất lượng kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước, tại các cuộc kiểm toán quyết toán ngân sách địa phương đã chú trọng tổ chức kiểm toán chuyên sâu theo từng lĩnh vực, từng khâu trong quản lý, điều hành ngân sách và đã đạt được kết quả tích cực. Đối với kiểm toán công tác quản lý thu ngân sách tại cơ quan thuế đã kiến nghị xử lý, khắc phục những hạn chế, sai phạm và kiến nghị tăng thu hàng ngàn tỷ đồng cho ngân sách Nhà nước. Các kết quả phân tích này nhằm đưa ra một số gợi ý hữu ích đối với việc tổ chức hoạt động kiểm toán thu ngân sách tại cơ quan thuế trong kiểm toán ngân sách địa phương.