Các nhiệm vụ khoa học và công nghệ (KH&CN) trước đây chủ yếu được thực hiện ở các đơn vị sự nghiệp khoa học như các viện nghiên cứu, các trường đại học và một số doanh nghiệp nhà nước. Từ khi Luật KH &CN (năm 2000) được ban hành có hiệu lực, các nhiệm vụ KH &CN được thực hiện ở mọi đối tượng thông qua tuyển chọn, các đơn vị tổ chức (các viện, trường, các doanh nghiệp, cá nhân ...) có đủ năng lực đều có thể tham  gia. Ngoài ra, đối với những doanh nghiệp tự đầu tư nghiên cứu thuộc lĩnh vực ưu tiên trọng điểm của nhà nước được xét tài trợ một phần kinh phí nghiên cứu. Do đó, trong chế độ kế toán doanh nghiệp vừa và nhỏ chưa được đề cập đến kế toán các nhiệm vụ KH &CN.
Luật KTNN được Quốc hội khoá XI kỳ họp thứ 7 thụng qua ngày 14/6/2005 cú hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2006 đánh dấu một bước phát triển mới của KTNN trong điều kiện nước ta phát triển nền kinh tế thị trường theo định hướng XHCN có sự quản lý của Nhà nước, hội nhập khu vực và quốc tế; đồng thời phù hợp với đường lối và chủ trương của Đảng về xây dựng nhà nước pháp quyền ở nước ta hiện nay. Luật kiểm toán nhà nước ra đời thể hiện quyết tâm của Đảng, Nhà nước lập lại trật tự, kỷ cương trong việc quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước; kiên quyết đấu tranh chống tham nhũng, lãng phí.
Để nâng cao chất lượng kiểm toán Báo cáo quyết toán ngân sách các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cần phải xây dựng kế hoạch kiểm toán phù hợp với điều kiện thực tiễn đáp ứng các mục tiêu, nội dung kiểm toán. Trong đó việc nghiên cứu, đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ là một vấn đề quan trọng nhằm xác định phương pháp, phạm vi, nội dung kiểm toán để nâng cao chất lượng và hiệu quả kiểm toán.
Kiểm toán hoạt động với chức năng xác minh và bày tỏ ý kiến về tính kinh tế, hiệu quả và hiệu lực sẽ là một công cụ hữu ích để tạo dựng một “bàn tay vô hình” trong việc cải thiện chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị. Tuy nhiên, để đưa ra ý kiến và kết luận về tính kinh tế, hiệu quả, hiệu lực đòi hỏi kiểm toán viên phải “nhận biết” được kết quả của hoạt động. Ngoài việc sử dụng các “dữ liệu” trong hệ thống thông tin quản lý của đơn vị, kiểm toán viên cũng cần tự thực hiện các phương pháp riêng để thu thập các chỉ tiêu về kết quả hoạt động mà đơn vị không hoặc không có khả năng cung cấp. Các phương pháp này được gọi chung là đo lường và đánh giá.
Không giống như khi kiểm toán các báo cáo tài chính, kiểm toán viên (KTV) có thể căn cứ vững chắc trên chuẩn mực kế toán và các văn bản qui phạm pháp luật về chế độ và kỷ luật tài chính để đưa ra kết luật và kiến nghị kiểm toán. Trong kiểm toán hoạt động, điều khó khăn chủ yếu là tìm ra được mhững tiêu chí cụ thể để đánh giá một hoạt động là có hiệu quả và hiệu lực hay không.
Lịch sử về quá trình ra đời và phát triển của Kiểm toán nhà nước (KTNN) và kiểm toán độc lập trên thế giới được gắn liền với sự ra đời và phát triển của Nhà nước pháp quyền và sự phát triển của nền kinh tế thị trường. Trong nền kinh tế này, cạnh tranh được xem là động lực thúc đẩy xã hội phát triển. Hoạt động kiểm toán của KTNN và kiểm toán độc lập được coi là một yếu tố cấu thành các quan hệ của nền kinh tế thị trường để bảo đảm sự cân bằng các mối quan hệ kinh tế tài chính trong cạnh tranh, bảo đảm các thông tin công khai luôn trung thực và hợp lí, nhằm làm minh bạch và lành mạnh hoá nền tài chính quốc gia.
Vấn đề thất thoát, lãng phí trong quản lý nguồn vốn đầu tư xây dựng cơ bản (ĐTXDCB) những năm vừa qua luôn thu hút sự quan tâm quan tâm lớn của toàn xã hội. Thất thoát, lãng phí diễn ra ở hầu hết các dự án, công trình; ở mọi công việc, ở mọi khâu trong quá trình đầu tư XDCB (tuy mức độ, phạm vi, thủ đoạn, tính chất có khác nhau) mặc dù có rất nhiều văn bản điều chỉnh hoạt động đầu tư XDCB trong các thời kỳ.
Hoạt động của Kiểm toán Nhà nước là “ phục vụ việc kiểm tra, giám sát của Nhà nước trong quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước; góp phần thực hành tiết kiệm, chống tham nhũng, thất thoát, lãng phí, phát hiện và ngăn chặn hành vi vi phạm pháp luật”, trong đó, lĩnh vực đầu tư XDCB đang được đặt lên hàng đầu.
Với sự hỗ trợ kỹ thuật của các chuyên gia trong nước và chuyên gia Đức qua 4 đợt tư vấn, “Quy trình kiểm toán Báo cáo quyết toán Dự án đầu tư xây dựng của Nhà nước” ban hành kèm theo Quyết định 09/1999/QĐ-KTNN ngày 28/12/1999 của Tổng KTNN đang được biên soạn lại theo hướng có sửa đổi, bổ sung cho phù hợp với Luật KTNN và định hướng phát triển của KTNN