Với sự hỗ trợ kỹ thuật của các chuyên gia trong nước và chuyên gia Đức qua 4 đợt tư vấn, “Quy trình kiểm toán Báo cáo quyết toán Dự án đầu tư xây dựng của Nhà nước” ban hành kèm theo Quyết định 09/1999/QĐ-KTNN ngày 28/12/1999 của Tổng KTNN đang được biên soạn lại theo hướng có sửa đổi, bổ sung cho phù hợp với Luật KTNN và định hướng phát triển của KTNN
Sự tăng trưởng của nền kinh tế đòi hỏi phải huy động tối đa mọi nguồn lực, trong đó tài sản công được coi là một nguồn lực quan trọng và cần thiết, nhất là trong điều kiện đất nước ta đang tập trung phát triển nền kinh tế nhanh và bền vững. Do vậy nếu không đặt vấn đề quản lý tài sản công một cách có hiệu quả thì cũng có nghĩa chúng ta đang sử dụng nguồn lực to lớn của quốc gia một cách lãng phí và cũng là khe hở cho nạn tham nhũng, biển thủ tài sản công...
Luật Kiểm toán nhà nước (sau đây gọi là Luật KTNN) được thông qua tại Kỳ họp thứ 7, Quốc hội khoá XI ngày 14/6/2005 và có hiệu lực từ ngày 01/01/2006. Lần đầu tiên hoạt động của Kiểm toán Nhà nước Việt Nam được điều chỉnh bằng một văn bản Luật. Điều này cho thấy vai trò của KTNN ngày càng trở nên quan trọng trong công tác kiểm tra, kiểm soát các hoạt động kinh tế, tài chính của Nhà nước, là một bộ phận không thể thiếu trong một nhà nước pháp quyền