Thời gian qua, KTNN đã tiến hành nhiều cuộc kiểm toán về môi trường nói chung cũng như các loại hình công trình chỉnh trị vùng cửa sông ven biển nói riêng. Bên cạnh các kết quả đã đạt được, công tác kiểm toán cũng còn một số bất cập, cần các giải pháp hoàn thiện để nâng cao chất lượng kiểm toán trong thời gian tới.
Chuyển đổi số đã làm thay đổi căn bản thực hành kế toán, kiểm toán tại các DN, giúp hoạt động này diễn ra nhanh, chính xác, tiết kiệm thời gian và nâng cao giá trị hơn cho xã hội. Đây là cơ hội nhưng cũng là thách thức đối với ngành kế toán, kiểm toán. Đặc biệt, trong bối cảnh Covid-19 chưa có hồi kết và giáo dục từ xa trở thành xu hướng tất yếu, chuyển đổi số đóng vai trò quan trọng trong việc đào tạo lực lượng kế cận.
  Qua kiểm toán việc quản lý quy hoạch, cấp phép xây dựng tại các đô thị giai đoạn 2017-2020, KTNN khu vực VIII đã chỉ rõ những bất cập làm giảm hiệu lực quản lý nhà nước về xây dựng và đất đai. Từ đó, đơn vị đã rút ra một số kinh nghiệm nhằm nâng cao chất lượng kiểm toán Chuyên đề này.  
Năm 2021, KTNN khu vực I đã triển khai kiểm toán Chuyên đề Việc quản lý quy hoạch, cấp phép xây dựng tại các đô thị giai đoạn 2017-2020 trên địa bàn Hà Nội, Bắc Ninh. Qua đó, Đoàn kiểm toán đã có nhiều phát hiện, kiến nghị nổi bật. Tuy nhiên, thực tiễn hoạt động kiểm toán vẫn nảy sinh một số khó khăn, vướng mắc cần tháo gỡ.
Những năm qua, tốc độ đô thị hóa nhanh tại các địa phương đã đặt ra nhiều vấn đề về công tác quản lý trong lĩnh vực quy hoạch và cấp phép xây dựng (CPXD). Căn cứ thực tiễn đó, KTNN đã xây dựng đề cương và triển khai kiểm toán công tác quản lý quy hoạch (QLQH), CPXD tại các đô thị giai đoạn 2017-2020 nhằm đánh giá việc tuân thủ các quy định pháp luật trong lĩnh vực này, qua đó đưa ra kiến nghị phục vụ công tác quản lý cũng như kịp thời chấn chỉnh các sai phạm.
  Để đảm bảo chất lượng các cuộc kiểm toán tổng hợp báo cáo quyết toán ngân sách địa phương (NSĐP) năm 2020, Tổng Kiểm toán Nhà nước hướng dẫn các đoàn kiểm toán khi xác định trọng yếu kiểm toán cần chú ý các vấn đề, nội dung, khoản mục có thể có những sai sót ảnh hưởng đáng kể như quy mô lớn, rủi ro có sai sót trọng yếu, là trọng tâm của Ngành, các chỉ tiêu có biến động bất thường hay có phát hiện sai sót...
  Kinh nghiệm trên thế giới cho thấy, kiểm toán lũ lụt giúp nâng cao ý thức cũng như cải thiện các chương trình liên quan đến vấn đề về nước của các chính phủ. Các cơ quan kiểm toán tối cao (SAI) đã lựa chọn chủ đề cho các cuộc kiểm toán rất đa dạng, gồm: bảo vệ hệ thống chống lũ lụt, chuẩn bị các kế hoạch ứng cứu lũ lụt, hoạt động cứu trợ trong các sự kiện bão lụt, khắc phục các sự cố và giảm thiểu tác động của lụt lội…
  Qua kết quả kiểm toán chuyên đề Công tác quản lý nhà nước tại cơ quan thuế năm 2020, KTNN đã phát hiện một số vấn đề còn vướng mắc liên quan đến cơ chế, chính sách và kiến nghị nhanh chóng sửa đổi nhằm tạo tính thống nhất trong tổ chức thực hiện cũng như tạo sự bình đẳng, công bằng đối với người nộp thuế (NNT).