Những năm qua, tốc độ đô thị hóa nhanh tại các địa phương đã đặt ra nhiều vấn đề về công tác quản lý trong lĩnh vực quy hoạch và cấp phép xây dựng (CPXD). Căn cứ thực tiễn đó, KTNN đã xây dựng đề cương và triển khai kiểm toán công tác quản lý quy hoạch (QLQH), CPXD tại các đô thị giai đoạn 2017-2020 nhằm đánh giá việc tuân thủ các quy định pháp luật trong lĩnh vực này, qua đó đưa ra kiến nghị phục vụ công tác quản lý cũng như kịp thời chấn chỉnh các sai phạm.
  Để đảm bảo chất lượng các cuộc kiểm toán tổng hợp báo cáo quyết toán ngân sách địa phương (NSĐP) năm 2020, Tổng Kiểm toán Nhà nước hướng dẫn các đoàn kiểm toán khi xác định trọng yếu kiểm toán cần chú ý các vấn đề, nội dung, khoản mục có thể có những sai sót ảnh hưởng đáng kể như quy mô lớn, rủi ro có sai sót trọng yếu, là trọng tâm của Ngành, các chỉ tiêu có biến động bất thường hay có phát hiện sai sót...
  Kinh nghiệm trên thế giới cho thấy, kiểm toán lũ lụt giúp nâng cao ý thức cũng như cải thiện các chương trình liên quan đến vấn đề về nước của các chính phủ. Các cơ quan kiểm toán tối cao (SAI) đã lựa chọn chủ đề cho các cuộc kiểm toán rất đa dạng, gồm: bảo vệ hệ thống chống lũ lụt, chuẩn bị các kế hoạch ứng cứu lũ lụt, hoạt động cứu trợ trong các sự kiện bão lụt, khắc phục các sự cố và giảm thiểu tác động của lụt lội…
  Qua kết quả kiểm toán chuyên đề Công tác quản lý nhà nước tại cơ quan thuế năm 2020, KTNN đã phát hiện một số vấn đề còn vướng mắc liên quan đến cơ chế, chính sách và kiến nghị nhanh chóng sửa đổi nhằm tạo tính thống nhất trong tổ chức thực hiện cũng như tạo sự bình đẳng, công bằng đối với người nộp thuế (NNT).
Những năm gần đây, tình trạng vi phạm pháp luật về thuế diễn ra khá phổ biến, trong đó các hành vi trốn thuế, chuyển giá và sai phạm về hoàn thuế, miễn giảm thuế đang có xu thế gia tăng, gây thất thu ngân sách. Thực trạng này đã được KTNN khu vực XIII chỉ ra qua kiểm toán ngân sách địa phương tại một số tỉnh, thành.
  Những năm qua, KTNN đã đẩy mạnh kiểm toán xác định giá trị DNNN trước cổ phần hóa (CPH), góp phần minh bạch hóa nền tài chính quốc gia, phòng chống tham nhũng, chống thất thoát tài sản công. Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác kiểm toán lĩnh vực này vẫn còn những hạn chế, cần tiếp tục hoàn thiện trong thời gian tới.  
Kiểm soát chất lượng kiểm toán (KSCLKT) là hoạt động mang tính bắt buộc, có ý nghĩa quan trọng đối với việc nâng cao giá trị các kết luận, kiến nghị kiểm toán. Trong đó, khả năng KSCLKT của đơn vị chủ trì cuộc kiểm toán gắn liền với vai trò, trách nhiệm của người đứng đầu đơn vị - kiểm toán trưởng (KTT) được đánh giá là quan trọng nhất, quyết định chất lượng cuộc kiểm toán.
  Tại Hội nghị Tổng kết công tác năm 2017 và triển khai nhiệm vụ năm 2018 của ngành tổ chức xây dựng Đảng (19/01/2018), Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng trăn trở và nhấn mạnh: “Chạy chức, chạy quyền, tệ tham nhũng đã chi phối tới nhiều khâu trong công tác cán bộ, từ lựa chọn đối tượng đưa đi đào tạo, bồi dưỡng, đến quy hoạch, luân chuyển, đánh giá, bổ nhiệm, nên mới có hiện tượng đề bạt, cất nhắc nhiều người nhà, người thân quen mặc dù không đủ tiêu chuẩn? Vì sao cứ nói bổ nhiệm đúng quy trình, nhưng kết quả thực tế bố trí cán bộ lại là sai?”
Việc sử dụng có hiệu quả kết luận và kiến nghị trong báo cáo kiểm toán (BCKT) là điều cần thiết nhằm tăng thêm chất lượng hoạt động và đảm bảo thẩm quyền của cơ quan dân cử. Do đó, KTNN cần chú trọng và có biện pháp phối hợp với các cơ quan như Quốc hội, Chính phủ, HĐND các cấp để các kết luận, kiến nghị thực sự phát huy hiệu quả.